feat(biochem): Фазы 2-7 — химдвижок, баланс, энергодиаграммы, графики, SMILES

Перенос изолированной работы по модулю «Биохимия» на master (разработка
велась параллельно с другой сессией; здесь только biochem-файлы).

Ядро biochem-core.js:
- Фаза 2 (химдвижок): partialCharges (по ЭО), dipole (вектор q·r по 3D VSEPR),
  polarity, massFractions, functionalGroups, analyze; chargeColor + δ± в рендерах.
- Фаза 3: balance() — балансировка уравнений (матрица элементов + дробный Гаусс).
- Фаза 7: parseSmiles (учебное подмножество) + toJSON/download.
- Фикс 3D-рендера: глубинная сортировка + объёмные связи-цилиндры.

Страницы:
- biochem.html: δ±-тепловая карта зарядов + стрелка диполя; импорт SMILES;
  экспорт PNG/JSON; замена крудных эвристик на BIO.analyze (−95 строк).
- biochem-reactions.html: энергопрофиль реакции + проверка баланса.
- biochem-properties.html: график молярных масс + экспорт CSV.

Тесты: backend/tests/biochem-core.test.js (8/8 pass: формулы, VSEPR, заряды,
полярность, баланс, SMILES, analyze).

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

plans/BIOCHEM_UPGRADE.md

@@ -63,7 +63,14 @@
 
 ---
 
-## Фаза 2 — Химический движок (свойства из структуры) — [ ]
+## Фаза 2 — Химический движок (свойства из структуры) — [x]
+
+> Сделано client-side в `BIO` (для всех страниц, без сервера; тег `biochem-phase2`):
+> `partialCharges` (по ЭО на связях), `dipole` (вектор q·r по 3D VSEPR), `polarity`
+> (по диполю), `massFractions`, `functionalGroups`, `analyze` — заменили фронт-эвристику.
+> Тумблер **δ±** в редакторе: тепловая карта зарядов (синий δ+/красный δ−) в 2D+3D +
+> стрелка диполя; число диполя в панели свойств.
+> _Проверено: H₂O O=−0.52/H=+0.26; CO₂/CH₄/CCl₄ диполь 0 → неполярны; H₂O/CHCl₃ полярны._
 
 Считать химию, а не хранить класс строкой.
 
@@ -78,9 +85,16 @@
 
 ---
 
-## Фаза 3 — Реакции: стехиометрия, баланс, энергетика — [ ]
+## Фаза 3 — Реакции: стехиометрия, баланс, энергетика — [~]
 
-- [ ] 3.1 Авто-балансировщик `backend/src/services/balance.js`: матрица элементов → целочисленное решение (Гаусс + НОК). Эндпойнт `POST /api/biochem/balance`.
+> Сделано (тег `biochem-phase3`): `BIO.balance(reactants,products)` — балансировка
+> через матрицу «элемент×вещество» + дробный Гаусс (RREF) + НОК/НОД (client-side,
+> вместо серверного `balance.js`). В [biochem-reactions.html](frontend/biochem-reactions.html) при развороте карточки:
+> энергетический профиль (реагенты→ПС→продукты) из `energy_kj` + бейдж проверки
+> баланса. Миграция коэффициентов в БД (3.2) и механизм (3.5) — отложены.
+> _Проверено: 2H₂+O₂→2H₂O, CH₄+2O₂→…, 4Fe+3O₂→2Fe₂O₃, фотосинтез 6/6/1/6, Ca(OH)₂+2HCl, N₂+3H₂→2NH₃._
+
+- [x] 3.1 `BIO.balance` (client-side: матрица элементов → целочисленное решение Гаусс+НОК).
 - [ ] 3.2 Миграция: добавить коэффициенты в `bio_reactions` (`reactant_coef`/`product_coef` JSON или `stoich_json`); пересидировать 27 реакций сбалансированными.
 - [ ] 3.3 В [biochem-reactions.html](frontend/biochem-reactions.html): показывать сбалансированное уравнение с коэффициентами, проверку сохранения массы/атомов.
 - [ ] 3.4 Энергетическая диаграмма реакции (reactants → переходное состояние → products) из `energy_kj` — мини-canvas-график, экзо/эндо подпись ΔH.
@@ -112,18 +126,29 @@
 
 ---
 
-## Фаза 6 — Свойства и анализ: вычисления + графики — [ ]
+## Фаза 6 — Свойства и анализ: вычисления + графики — [~]
+
+> Сделано (тег `biochem-phase6`): в [biochem-properties.html](frontend/biochem-properties.html) при сравнении 2+
+> молекул — столбчатый график молярных масс (canvas) + экспорт таблицы в CSV
+> (UTF-8 BOM). Уход от хардкода `PHYS_PROPS` (6.1) и круговая долей (6.3) — отложены.
 
 - [ ] 6.1 Убрать хардкод `PHYS_PROPS` (15 молекул) — тянуть вычисляемые (масса, DBE, диполь, доли элементов) из `/analyze`; справочные (T_пл/T_кип/растворимость) — в новую таблицу `bio_mol_props`.
-- [ ] 6.2 В [biochem-properties.html](frontend/biochem-properties.html): графики сравнения (bar/scatter масса·T_кип) на canvas, экспорт таблицы CSV и PNG структур.
+- [x] 6.2 График сравнения молярных масс (bar, canvas) + экспорт CSV. _(scatter масса·T_кип и PNG — позже.)_
 - [ ] 6.3 Доп. свойства: массовая доля элементов (круговая), кислотность/основность класса, окислитель/восстановитель.
 
 ---
 
-## Фаза 7 — Импорт/экспорт и полировка — [ ]
+## Фаза 7 — Импорт/экспорт и полировка — [~]
 
-- [ ] 7.1 Парсер SMILES (подмножество: цепи, ветви `()`, кольца-цифры, кратность) → atoms/bonds; поле ввода в редакторе.
-- [ ] 7.2 Экспорт молекулы: PNG (2D/3D), JSON, ссылка-share `/biochem?smiles=...`.
+> Сделано (теги `biochem-phase7`/`biochem-latest`): `BIO.parseSmiles` (учебное
+> подмножество: атомы верх. регистра, связи -=#, ветви, циклы, неявные H,
+> 2D-укладка), `BIO.toJSON`/`download`. В редакторе — поле SMILES + Импорт,
+> экспорт PNG/JSON. Регресс-тесты `backend/tests/biochem-core.test.js` (8/8 pass:
+> формулы, VSEPR, заряды, полярность, баланс, SMILES, analyze).
+
+- [x] 7.1 Парсер SMILES (цепи, ветви `()`, кольца-цифры, кратность `-=#`) → atoms/bonds; поле ввода в редакторе.
+- [x] 7.2 Экспорт молекулы: PNG (текущий 2D/3D холст), JSON. _(share-ссылка `?smiles=` — позже.)_
+- [x] 7.5 Регресс-тесты ядра (`node --test`, 8 тестов). _(перенесён из плана ниже.)_
 - [ ] 7.3 Перф: кэш `biochemGetMolecules` (общий стор), throttle поиска/фильтров, LOD для thumbnail больших молекул (АТФ и т.п.).
 - [ ] 7.4 Мобайл/a11y: читаемый sidebar на ≤768px, фокус-навигация, aria для canvas-инструментов.
 - [ ] 7.5 Регресс-тесты: `backend/tests/biochem.test.js` — VSEPR, баланс, analyze, фиче-флаг `requireFeature('biochem')`.