fix(biochem 3D): корректная глубина + объёмные связи-цилиндры

Два дефекта, из-за которых 3D читался как плоская диаграмма:
- painter-сортировка была по возрастанию z (ближние первыми) — дальние
  атомы рисовались поверх ближних. Теперь единый список примитивов
  (атомы + половинки связей) сортируется по убыванию z (дальние первыми).
- связи были тонкими плоскими линиями. Теперь — затенённые «цилиндры»:
  толстый штрих с поперечным градиентом (центр светлее, края темнее),
  двухцветные (каждая половина под цвет своего атома) — фирменный вид
  ball-and-stick. Ширина зависит от перспективы (ближе — толще).
- усилена перспектива (fov 900→700), добавлен тёмный ободок сфер для объёма.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

plans/lab-content-engine/CONTEXT.md

@@ -0,0 +1,61 @@
+# Feature Context: Контент-движок лаборатории
+
+## Current State
+- Лаборатория работает на захардкоженной регистрации (см. PLAN.md Summary).
+- Ветка `feature/lab-content-engine` создана от `master`.
+
+## Architecture map (как было ДО рефактора)
+- `frontend/lab.html` — sim-тела `<div id="sim-xxx">` (inline HTML, ~3000 строк) + 58 `<script>` тегов (4800-4861) + three.js.
+- `frontend/js/labs/lab-glue.js`:
+  - `_catFilter`, `_disabledSimIds`, `_simModuleDisabled` (вкл/выкл из админки)
+  - `filterSims()`, `renderSims()` (карточки каталога)
+  - preview-хелперы `_grid/_axes/_svg` + ~60 констант `P_*`
+  - массив `SIMS` (821-866), `window.SIMS`/`window.LAB_SIMS`
+- `frontend/js/labs/lab-init.js`:
+  - объявления переменных симуляций (gSim, pSim, …)
+  - `ALL_SIM_BODIES` / `ALL_CTRL_BARS` (33-48)
+  - `_pauseAllSims()` (54-91), `openSim(id)` if-цепочка (93-160), `closeSim()` (212-258)
+  - `_simShow()`, `_addTouchSupport()` (touch-bridge + ResizeObserver)
+  - объект `THEORY` + `loadTheory()` + `_theoryToggle()`
+  - функции `_openXxx()` (603-756) — единый шаблон: `_simShow('sim-xxx')` + ленивое `new XxxSim(...)` + показ `ctrl-xxx`
+- `frontend/js/admin/sections/sims.js` — админ-секция (пока только вкл/выкл, `_disabledSimIds`).
+
+## Загрузочный порядок (КРИТИЧНО)
+В lab.html: движки `_fx_*`, `_phys_visuals`, `_graph_panel`, `_chem_visuals` грузятся ПЕРЕД симуляциями.
+`lab-init.js` (4826) грузится ПЕРЕД `lab-glue.js` (4827). `renderSims()` вызывается в конце lab-glue.
+Некоторые sim-файлы (graph.js) грузятся РАНЬШЕ lab-glue.js → preview `P_*` ещё не определены на момент исполнения их тел.
+=> В манифестах `preview` поддерживает функцию (ленивое вычисление в renderSims), не только строку.
+
+## Контракт LabRegistry (Фаза 0)
+```
+LabRegistry.register(manifest)  // manifest.id уникален; повторная регистрация перезаписывает
+LabRegistry.get(id)             // по base-id (без ':arg')
+LabRegistry.has(id)
+LabRegistry.all()               // в порядке регистрации
+LabRegistry.setActive(sim) / stopActive() / destroyActive()  // менеджер жизненного цикла
+```
+manifest: `{ id, cat, title, desc, preview(string|fn), theory?, bodyId?, mount?(host), open(ctx), stop?(), destroy?(), subject?, grade?, topics? }`
+
+## Адаптер (Фаза 0): реестр в приоритете, иначе legacy
+- `renderSims()` — порядок берём из исходного `SIMS`; для id, который есть в реестре, используем манифест (resolve preview), иначе legacy-запись; в конце добавляем registry-only записи, которых нет в SIMS.
+- `openSim(id)` — `base = id.split(':')[0]`; если `LabRegistry.has(base)` → `stopActive()`; `get(base).open({arg})`; `setActive`; иначе старый if-путь.
+- `loadTheory(id)` — если `get(base).theory` есть → рендерим из него; иначе `THEORY[base]`.
+- `closeSim()`/`_pauseAllSims()` — дополнительно `LabRegistry.stopActive()` / `destroyActive()`.
+
+## Temporary Workarounds
+- (пока нет)
+
+## Cross-Phase Dependencies
+- Фаза 1 опирается на ядро реестра из Фазы 0.
+- Фаза 3 (ленивая загрузка) опирается на манифесты с зависимостями движков (Фаза 1/2).
+- Фаза 4 (БД) мёржит код-манифесты Фазы 1 с оверрайдами.
+- Фаза 5 использует поля subject/grade/topics из манифестов.
+
+## Deep-links (сохранить!)
+`openSim('stereo:figure')`, `?stereofig=`, обратная совместимость `magnetic/coulomb→emfield`, `thinlens/mirrors/refraction→opticsbench`.
+
+## Проектные правила (НЕ нарушать)
+- Иконки: только inline SVG `.ic`, НЕ эмоджи.
+- Поиск по коду: ast-index, НЕ Grep tool.
+- БД: встроенный `node:sqlite` DatabaseSync, НЕ better-sqlite3.
+- Git: коммитить только изменённые файлы.