fix(biochem 3D): корректная глубина + объёмные связи-цилиндры

Два дефекта, из-за которых 3D читался как плоская диаграмма:
- painter-сортировка была по возрастанию z (ближние первыми) — дальние
  атомы рисовались поверх ближних. Теперь единый список примитивов
  (атомы + половинки связей) сортируется по убыванию z (дальние первыми).
- связи были тонкими плоскими линиями. Теперь — затенённые «цилиндры»:
  толстый штрих с поперечным градиентом (центр светлее, края темнее),
  двухцветные (каждая половина под цвет своего атома) — фирменный вид
  ball-and-stick. Ширина зависит от перспективы (ближе — толще).
- усилена перспектива (fov 900→700), добавлен тёмный ободок сфер для объёма.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

plans/lab-content-engine/PLAN.md

@@ -0,0 +1,53 @@
+# Feature: Контент-движок лаборатории (симуляции как данные)
+
+**Branch:** `feature/lab-content-engine`
+**Base branch:** `master`
+**Created:** 2026-05-30
+**Status:** 🟡 In Progress
+**Strategy:** Big Bang
+**Mode:** Automated
+**Execution:** Direct
+
+## Summary
+
+Превратить захардкоженную в 6 местах регистрацию ~49 симуляций лаборатории в единый
+декларативный манифест + реестр (`LabRegistry`). Каждая симуляция сама себя регистрирует
+объектом `{id, cat, title, desc, preview, theory, bodyId/mount, open, stop, destroy, subject, grade, topics}`.
+Ядро (renderSims/openSim/closeSim/loadTheory) работает с реестром, а не с массивами и
+if-цепочками. Далее — ленивая загрузка кода, БД-бэкенд с админкой и курикулумная привязка.
+
+## Build & Test Commands
+- **Build:** — (фронт без сборки, статика через Express)
+- **Test:** `cd backend && npm test` (актуально для Фаз 4-5; Фазы 0-3 — статическая проверка + ревью по диффу)
+- **Lint:** `cd backend && npm run lint:routes` (актуально для Фаз 4-5)
+
+## Phases
+
+- [ ] Phase 0: Ядро реестра + адаптер + 3 пилота [domain: frontend] → [subplan](./phase-0-registry-core.md)
+- [ ] Phase 1: Миграция всех симуляций на манифесты [domain: frontend] → [subplan](./phase-1-migrate-all.md)
+- [ ] Phase 2: Тела симуляций как шаблоны + ленивый mount [domain: frontend] → [subplan](./phase-2-lazy-mount.md)
+- [ ] Phase 3: Ленивая загрузка кода симуляций [domain: frontend] → [subplan](./phase-3-lazy-load.md)
+- [ ] Phase 4: Реестр в БД + API + админка [domain: fullstack] → [subplan](./phase-4-db-admin.md)
+- [ ] Phase 5: Курикулумная привязка [domain: fullstack] → [subplan](./phase-5-curriculum.md)
+
+## Phase Progress Log
+
+| Phase | Domain | Status | Review | Build | Committed |
+|-------|--------|--------|--------|-------|-----------|
+| Phase 0: Ядро реестра | frontend | ⬜ Not Started | ⬜ | ⬜ | ⬜ |
+| Phase 1: Миграция всех | frontend | ⬜ Not Started | ⬜ | ⬜ | ⬜ |
+| Phase 2: Ленивый mount | frontend | ⬜ Not Started | ⬜ | ⬜ | ⬜ |
+| Phase 3: Ленивая загрузка | frontend | ⬜ Not Started | ⬜ | ⬜ | ⬜ |
+| Phase 4: БД + админка | fullstack | ⬜ Not Started | ⬜ | ⬜ | ⬜ |
+| Phase 5: Курикулум | fullstack | ⬜ Not Started | ⬜ | ⬜ | ⬜ |
+
+## Final Review
+- [ ] Comprehensive code review
+- [ ] Full build passes
+- [ ] Full test suite passes
+- [ ] Merged to `master`
+
+## Notes (Big Bang temporary breakage map)
+- Фаза 1 может временно ломать каталог/открытие симуляций пока миграция не завершена — устраняется внутри Фазы 1.
+- Фаза 2 временно меняет структуру lab.html (вынос тел) — устраняется внутри Фазы 2.
+- Полная работоспособность лаборатории гарантируется после ФИНАЛЬНОЙ фазы.