fix(biochem 3D): корректная глубина + объёмные связи-цилиндры

Два дефекта, из-за которых 3D читался как плоская диаграмма:
- painter-сортировка была по возрастанию z (ближние первыми) — дальние
  атомы рисовались поверх ближних. Теперь единый список примитивов
  (атомы + половинки связей) сортируется по убыванию z (дальние первыми).
- связи были тонкими плоскими линиями. Теперь — затенённые «цилиндры»:
  толстый штрих с поперечным градиентом (центр светлее, края темнее),
  двухцветные (каждая половина под цвет своего атома) — фирменный вид
  ball-and-stick. Ширина зависит от перспективы (ближе — толще).
- усилена перспектива (fov 900→700), добавлен тёмный ободок сфер для объёма.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

plans/lab-content-engine/phase-0-registry-core.md

@@ -0,0 +1,46 @@
+# Phase 0: Ядро реестра + адаптер + 3 пилота
+
+**Status:** ⬜ Not Started
+**Parent plan:** [PLAN.md](./PLAN.md)
+**Domain:** frontend
+
+## Objective
+Создать `LabRegistry` (реестр + менеджер активной симуляции). Подключить адаптер: ядро
+лаборатории сначала смотрит в реестр, иначе — старый путь. Мигрировать 3 пилота
+(graph, quadratic, pendulum) и доказать паритет. Полностью обратимо.
+
+## Tasks
+- [ ] Создать `frontend/js/labs/_registry.js` — `window.LabRegistry` (register/get/has/all + setActive/stopActive/destroyActive). Без эмоджи.
+- [ ] Подключить `_registry.js` в lab.html ПЕРВЫМ среди labs-скриптов (до graph.js).
+- [ ] Адаптер `renderSims()` (lab-glue.js): порядок из SIMS, registry-override + resolve preview (string|fn), append registry-only.
+- [ ] Адаптер `openSim()` (lab-init.js): base-id, registry-first → stopActive/open/setActive; deep-link `:arg` сохранить.
+- [ ] Адаптер `loadTheory()` (lab-init.js): registry.theory в приоритете, иначе THEORY[base].
+- [ ] Адаптер `closeSim()`/`_pauseAllSims()`: добавить `LabRegistry.stopActive()`/`destroyActive()`.
+- [ ] Зарегистрировать 3 пилота в конце lab-init.js (после _openXxx): graph, quadratic, pendulum — с preview-fn, theory-объектом, open=_openXxx, stop/destroy.
+- [ ] Удалить graph/quadratic/pendulum из legacy `THEORY` и `SIMS` (проверка, что адаптер их подхватывает из реестра).
+
+## Files to Modify/Create
+- `frontend/js/labs/_registry.js` — новый: ядро реестра.
+- `frontend/lab.html` — добавить `<script src="/js/labs/_registry.js">` первым (в обоих местах, если дублируется список).
+- `frontend/js/labs/lab-glue.js` — renderSims адаптер; убрать 3 пилота из SIMS.
+- `frontend/js/labs/lab-init.js` — openSim/loadTheory/closeSim/_pauseAllSims адаптеры; регистрация 3 пилотов; убрать 3 пилота из THEORY.
+
+## Acceptance Criteria
+- Каталог отображает все симуляции в прежнем порядке; 3 пилота открываются и работают идентично.
+- Остальные 46 симуляций открываются по-старому (legacy путь не сломан).
+- Deep-links и обратная совместимость id работают.
+- Нет дублей карточек (пилот не показан дважды).
+- Нет эмоджи; иконки `.ic`.
+
+## Notes
+- Порядок загрузки: см. CONTEXT.md. preview как функция спасает от undefined P_*.
+- `_disabledSimIds` фильтрация должна продолжать работать для registry-записей.
+
+## Review Checklist
+- [ ] Адаптер не ломает legacy симуляции
+- [ ] Паритет 3 пилотов (open/stop/close/theory/preview)
+- [ ] Соблюдены конвенции проекта (no emoji, .ic)
+- [ ] Нет дублирования карточек
+
+## Handoff to Next Phase
+<!-- заполнить после фазы -->