fix(biochem 3D): корректная глубина + объёмные связи-цилиндры

Два дефекта, из-за которых 3D читался как плоская диаграмма:
- painter-сортировка была по возрастанию z (ближние первыми) — дальние
  атомы рисовались поверх ближних. Теперь единый список примитивов
  (атомы + половинки связей) сортируется по убыванию z (дальние первыми).
- связи были тонкими плоскими линиями. Теперь — затенённые «цилиндры»:
  толстый штрих с поперечным градиентом (центр светлее, края темнее),
  двухцветные (каждая половина под цвет своего атома) — фирменный вид
  ball-and-stick. Ширина зависит от перспективы (ближе — толще).
- усилена перспектива (fov 900→700), добавлен тёмный ободок сфер для объёма.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

plans/lab-content-engine/phase-1-migrate-all.md

@@ -0,0 +1,40 @@
+# Phase 1: Миграция всех симуляций на манифесты
+
+**Status:** ⬜ Not Started
+**Parent plan:** [PLAN.md](./PLAN.md)
+**Domain:** frontend
+
+## Objective
+Перевести все ~49 симуляций на сам/регистрацию через `LabRegistry`. Перенести данные
+(catalogue meta, preview, theory) и поведение (open/stop/destroy) в манифесты. Удалить
+legacy-структуры. Сохранить глобальные имена через shim.
+
+## Tasks
+- [ ] Для каждой симуляции зарегистрировать манифест (метаданные из SIMS, preview из P_*, theory из THEORY, open/stop/destroy из _openXxx + _pauseAllSims/closeSim веток).
+- [ ] Удалить массив `SIMS` (lab-glue.js) и объект `THEORY` (lab-init.js).
+- [ ] Удалить if-цепочку `openSim`, `_pauseAllSims`, switch в `closeSim`, `ALL_SIM_BODIES`/`ALL_CTRL_BARS`.
+- [ ] lab-init.js усохнуть до generic-логики (openSim/closeSim через реестр).
+- [ ] Shim глобальных имён (gSim, pSim, …) — их дёргают deep-link/поиск/инлайн-обработчики.
+- [ ] Сохранить обратную совместимость id (magnetic/coulomb→emfield, thinlens/mirrors/refraction→opticsbench, stereo:fig, hydrostatics:arg, molphys:arg, chemistry:arg, dynamics:arg, emfield:mode, opticsbench:mode).
+
+## Files to Modify/Create
+- Все `frontend/js/labs/*.js` симуляции — добавить `LabRegistry.register(...)`.
+- `frontend/js/labs/lab-glue.js`, `frontend/js/labs/lab-init.js` — удалить legacy.
+
+## Acceptance Criteria
+- Все симуляции открываются/работают как раньше (паритет).
+- Удалены все 6 точек дублирования из CONTEXT.md.
+- Deep-links и алиасы работают.
+
+## Notes
+- Мигрировать пачками (по категориям) с проверкой паритета после каждой пачки (Big Bang допускает временную поломку между пачками).
+- Превью с зависимостями (random в P_ELECTROLYSIS) перенести как есть.
+
+## Review Checklist
+- [ ] Ни одна симуляция не потеряна
+- [ ] Глобальные shim'ы на месте
+- [ ] Алиасы/deep-links работают
+- [ ] Legacy полностью удалён
+
+## Handoff to Next Phase
+<!-- заполнить после фазы -->