chore: консолидация незакоммиченной работы (биохимия + System Health + lab/textbooks)

Зафиксирована накопленная незакоммиченная работа рабочего дерева, КРОМЕ файлов
учебника «Химия 7» (migration 046, chemistry_7_*.html, chem7_svg.js, тест —
оставлены незакоммиченными по запросу).

Включает: модуль биохимии (ядро BIO, 3D VSEPR, химдвижок, баланс, challenges,
пути из БД), System Health Level 1 (вердикт/мониторинг), а также frontend-
страницы и lab/textbooks-правки параллельной сессии.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

backend/src/controllers/biochemController.js

@@ -1,6 +1,6 @@
 'use strict';
 const db = require('../db/db');
-const { awardXP } = require('./gamificationController');
+const { awardXP, checkAchievements } = require('./gamificationController');
 
 /* ── Helpers ─────────────────────────────────────────────────────────── */
 const MAX_V = { H:1, C:4, N:3, O:2, P:5, S:6, Cl:1, Na:1, Ca:2, K:1, Mg:2, Fe:3, Br:1, I:1, F:1 };
@@ -26,6 +26,44 @@ function valencyIssues(atoms, bonds) {
     .map(a => ({ id: a.id, symbol: a.s, used: sums[a.id] || 0, max: MAX_V[a.s] ?? 4 }));
 }
 
+/* ── Structural (connectivity) match: Morgan-style canonical hash ──────────
+ * Сравнивает связность двух молекул независимо от id/координат/нумерации.
+ * Инвариант атома итеративно уточняется по соседям и порядкам связей;
+ * каноническая подпись = отсортированные инварианты атомов + рёбер.
+ */
+function _bf(b) { return b.from != null ? b.from : b.f; }
+function _bt(b) { return b.to != null ? b.to : b.t; }
+function _bo(b) { return (b.order != null ? b.order : b.o) || 1; }
+function _hashStr(s) { let h = 5381; for (let i = 0; i < s.length; i++) h = ((h << 5) + h + s.charCodeAt(i)) | 0; return (h >>> 0).toString(36); }
+
+function canonicalHash(atoms, bonds) {
+  const adj = {};
+  atoms.forEach(a => adj[a.id] = []);
+  for (const b of bonds) {
+    const f = _bf(b), t = _bt(b), o = _bo(b);
+    if (adj[f] && adj[t]) { adj[f].push({ id: t, o }); adj[t].push({ id: f, o }); }
+  }
+  let inv = {};
+  atoms.forEach(a => inv[a.id] = a.s);
+  for (let iter = 0; iter < atoms.length; iter++) {
+    const next = {};
+    for (const a of atoms) {
+      const neigh = adj[a.id].map(n => inv[n.id] + ':' + n.o).sort().join(',');
+      next[a.id] = _hashStr(inv[a.id] + '|' + neigh);
+    }
+    inv = next;
+  }
+  const atomSig = atoms.map(a => inv[a.id]).sort().join(';');
+  const edgeSig = bonds.map(b => [inv[_bf(b)], inv[_bt(b)]].sort().join('-') + '#' + _bo(b)).sort().join(',');
+  return atomSig + '||' + edgeSig;
+}
+
+function structuralMatch(a1, b1, a2, b2) {
+  if (!Array.isArray(a1) || !Array.isArray(a2)) return false;
+  if (a1.length !== a2.length || (b1 || []).length !== (b2 || []).length) return false;
+  return canonicalHash(a1, b1 || []) === canonicalHash(a2, b2 || []);
+}
+
 /* ── Prepared statements ─────────────────────────────────────────────── */
 const stmts = {
   getElements:    db.prepare('SELECT * FROM bio_elements ORDER BY radius ASC'),
@@ -140,6 +178,7 @@ function solveChallenge(req, res) {
       return res.status(400).json({ error: 'wrong_answer' });
     stmts.markDone.run(req.user.id, challenge.id);
     awardXP(req.user.id, challenge.xp_reward, `biochem_challenge:${challenge.id}`);
+    checkAchievements(req.user.id);
     return res.json({ ok: true, xp: challenge.xp_reward });
   }
 
@@ -152,6 +191,7 @@ function solveChallenge(req, res) {
       return res.status(400).json({ error: 'wrong_answer' });
     stmts.markDone.run(req.user.id, challenge.id);
     awardXP(req.user.id, challenge.xp_reward, `biochem_challenge:${challenge.id}`);
+    checkAchievements(req.user.id);
     return res.json({ ok: true, xp: challenge.xp_reward });
   }
 
@@ -165,6 +205,7 @@ function solveChallenge(req, res) {
       return res.status(400).json({ error: 'wrong_answer' });
     stmts.markDone.run(req.user.id, challenge.id);
     awardXP(req.user.id, challenge.xp_reward, `biochem_challenge:${challenge.id}`);
+    checkAchievements(req.user.id);
     return res.json({ ok: true, xp: challenge.xp_reward });
   }
 
@@ -178,6 +219,7 @@ function solveChallenge(req, res) {
       return res.status(400).json({ error: 'wrong_answer' });
     stmts.markDone.run(req.user.id, challenge.id);
     awardXP(req.user.id, challenge.xp_reward, `biochem_challenge:${challenge.id}`);
+    checkAchievements(req.user.id);
     return res.json({ ok: true, xp: challenge.xp_reward });
   }
 
@@ -192,6 +234,7 @@ function solveChallenge(req, res) {
       return res.status(400).json({ error: 'wrong_answer' });
     stmts.markDone.run(req.user.id, challenge.id);
     awardXP(req.user.id, challenge.xp_reward, `biochem_challenge:${challenge.id}`);
+    checkAchievements(req.user.id);
     return res.json({ ok: true, xp: challenge.xp_reward });
   }
 
@@ -206,6 +249,7 @@ function solveChallenge(req, res) {
       return res.status(400).json({ error: 'wrong_answer' });
     stmts.markDone.run(req.user.id, challenge.id);
     awardXP(req.user.id, challenge.xp_reward, `biochem_challenge:${challenge.id}`);
+    checkAchievements(req.user.id);
     return res.json({ ok: true, xp: challenge.xp_reward });
   }
 
@@ -222,8 +266,21 @@ function solveChallenge(req, res) {
   if (issues.length > 0)
     return res.status(400).json({ error: 'valency_error', issues });
 
+  // 3D-build: помимо формулы проверяем СТРУКТУРУ (связность) против эталона
+  const bdata = tryParse(challenge.data_json, {});
+  if (bdata && bdata.requireStructure && bdata.molecule_id) {
+    const ref = stmts.getMolById.get(bdata.molecule_id);
+    if (ref) {
+      const refAtoms = tryParse(ref.atoms_json, []);
+      const refBonds = tryParse(ref.bonds_json, []);
+      if (!structuralMatch(atoms, bonds, refAtoms, refBonds))
+        return res.status(400).json({ error: 'wrong_structure' });
+    }
+  }
+
   stmts.markDone.run(req.user.id, challenge.id);
   awardXP(req.user.id, challenge.xp_reward, `biochem_challenge:${challenge.id}`);
+  checkAchievements(req.user.id);
   res.json({ ok: true, xp: challenge.xp_reward });
 }
 
@@ -253,6 +310,7 @@ function saveMolecule(req, res) {
     JSON.stringify(atoms),
     JSON.stringify(bonds),
   ).lastInsertRowid;
+  checkAchievements(req.user.id);   // bc_first_molecule
   res.status(201).json({ id, formula, known: known || null });
 }
 
@@ -263,6 +321,52 @@ function deleteSaved(req, res) {
   res.json({ ok: true });
 }
 
+/* ── GET /api/biochem/pathways — все пути из БД (карта slug → данные) ──── */
+const stmtsPathways = db.prepare('SELECT slug, data_json FROM bio_pathways ORDER BY ord');
+function getPathways(_req, res) {
+  const out = {};
+  for (const r of stmtsPathways.all()) out[r.slug] = tryParse(r.data_json, {});
+  res.json(out);
+}
+
+/* ── Прогресс прохождения путей (Learn-режим) ────────────────────────── */
+const PATHWAY_XP = 80;
+const stmtsPath = {
+  getProg: db.prepare('SELECT pathway, step, completed FROM bio_user_pathway WHERE user_id=?'),
+  wasDone: db.prepare('SELECT completed FROM bio_user_pathway WHERE user_id=? AND pathway=?'),
+  upsert:  db.prepare(`INSERT INTO bio_user_pathway (user_id, pathway, step, completed, updated_at)
+    VALUES (?, ?, ?, ?, datetime('now'))
+    ON CONFLICT(user_id, pathway) DO UPDATE SET
+      step       = excluded.step,
+      completed  = MAX(completed, excluded.completed),
+      updated_at = datetime('now')`),
+};
+
+/* ── GET /api/biochem/pathways/progress ──────────────────────────────── */
+function getPathwayProgress(req, res) {
+  const out = {};
+  for (const r of stmtsPath.getProg.all(req.user.id))
+    out[r.pathway] = { step: r.step, completed: !!r.completed };
+  res.json(out);
+}
+
+/* ── POST /api/biochem/pathways/progress ─────────────────────────────── */
+function savePathwayProgress(req, res) {
+  const { pathway, step, completed } = req.body;
+  if (typeof pathway !== 'string' || !pathway)
+    return res.status(400).json({ error: 'pathway required' });
+  const prev = stmtsPath.wasDone.get(req.user.id, pathway);
+  const firstCompletion = !!completed && !(prev && prev.completed);
+  stmtsPath.upsert.run(req.user.id, pathway, Math.max(0, parseInt(step) || 0), completed ? 1 : 0);
+  let xp = 0;
+  if (firstCompletion) {
+    xp = PATHWAY_XP;
+    awardXP(req.user.id, xp, `biochem_pathway:${pathway}`);
+    checkAchievements(req.user.id);
+  }
+  res.json({ ok: true, xp });
+}
+
 /* ── util ────────────────────────────────────────────────────────────── */
 function tryParse(v, fallback) {
   if (!v) return fallback;
@@ -273,4 +377,7 @@ module.exports = {
   getElements, getMolecules, getMolecule, validate,
   getReactions, getChallenges, solveChallenge,
   getSaved, saveMolecule, deleteSaved,
+  getPathways, getPathwayProgress, savePathwayProgress,
+  // экспортируется для тестов структурной проверки
+  structuralMatch, canonicalHash,
 };