feat(biochem): Фаза 4 (4.1-4.3) — пути метаболизма из БД (API), хардкод убран

Перенос данных путей из ~700 строк инлайн-объекта PATHWAYS в biochem-pathways.html
в БД. Document-подход: каждый путь — самодостаточный документ data_json (граф
узлов/рёбер + шаги с квизами); путь всегда читается целиком, реляционных
запросов нет — нормализация не нужна.

- migration 045_bio_pathways: таблица bio_pathways(slug, name, color, ord, data_json).
- backend/scripts/biochem_pathways_data.js: данные 4 путей (извлечены из инлайн-
  объекта, теперь самодостаточный источник правды).
- seed_biochem_pathways.js: идемпотентный upsert по slug.
- biochemController.getPathways + GET /biochem/pathways (карта slug->данные).
- js/api.js: biochemGetPathways.
- biochem-pathways.html: инлайн PATHWAYS (-238 строк) заменён на загрузку из API
  в init (loadPathways); форма данных идентична — рендер не изменён.

Проверено: API отдаёт 4 пути в форме фронта, сидер идемпотентен.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

backend/scripts/seed_biochem_pathways.js

@@ -0,0 +1,42 @@
+'use strict';
+/*
+ * Сид метаболических путей в bio_pathways.
+ * Источник данных — backend/scripts/data/biochem_pathways.json (изначально
+ * извлечён из инлайн-объекта PATHWAYS; теперь это самодостаточный источник
+ * правды, не зависящий от фронта). Каждый путь — документ data_json.
+ * Идемпотентно (upsert по slug): повторный запуск синхронизирует данные.
+ *
+ * Запуск: node backend/scripts/seed_biochem_pathways.js
+ */
+const db = require('../src/db/db');
+const P = require('./biochem_pathways_data');
+
+const upsert = db.prepare(`INSERT INTO bio_pathways (slug, name, color, ord, data_json)
+  VALUES (@slug, @name, @color, @ord, @data_json)
+  ON CONFLICT(slug) DO UPDATE SET
+    name=excluded.name, color=excluded.color, ord=excluded.ord, data_json=excluded.data_json`);
+
+const slugs = Object.keys(P);
+let n = 0;
+db.exec('BEGIN');
+try {
+  slugs.forEach((slug, idx) => {
+    const p = P[slug];
+    upsert.run({
+      slug,
+      name: p.name || slug,
+      color: p.color || '#9B5DE5',
+      ord: idx,
+      data_json: JSON.stringify(p),
+    });
+    n++;
+  });
+  db.exec('COMMIT');
+} catch (e) {
+  db.exec('ROLLBACK');
+  throw e;
+}
+
+console.log(`biochem pathways seed: ${n} путь(ей) — ${slugs.join(', ')}`);
+console.log('в БД:', db.prepare('SELECT slug, name, LENGTH(data_json) AS bytes FROM bio_pathways ORDER BY ord').all()
+  .map(r => `${r.slug}(${r.bytes}b)`).join('  '));

backend/src/controllers/biochemController.js

@@ -321,6 +321,14 @@ function deleteSaved(req, res) {
   res.json({ ok: true });
 }
 
+/* ── GET /api/biochem/pathways — все пути из БД (карта slug → данные) ──── */
+const stmtsPathways = db.prepare('SELECT slug, data_json FROM bio_pathways ORDER BY ord');
+function getPathways(_req, res) {
+  const out = {};
+  for (const r of stmtsPathways.all()) out[r.slug] = tryParse(r.data_json, {});
+  res.json(out);
+}
+
 /* ── Прогресс прохождения путей (Learn-режим) ────────────────────────── */
 const PATHWAY_XP = 80;
 const stmtsPath = {
@@ -369,7 +377,7 @@ module.exports = {
   getElements, getMolecules, getMolecule, validate,
   getReactions, getChallenges, solveChallenge,
   getSaved, saveMolecule, deleteSaved,
-  getPathwayProgress, savePathwayProgress,
+  getPathways, getPathwayProgress, savePathwayProgress,
   // экспортируется для тестов структурной проверки
   structuralMatch, canonicalHash,
 };

backend/src/db/migrations/045_bio_pathways.sql

@@ -0,0 +1,15 @@
+-- 045_bio_pathways.sql
+-- Метаболические пути как данные (вместо ~700 строк хардкода в
+-- biochem-pathways.html). Каждый путь — самодостаточный документ (граф узлов
+-- и рёбер + шаги Learn-режима с квизами) в data_json; страница грузит их через
+-- API. Document-подход выбран намеренно: путь всегда читается целиком,
+-- реляционных запросов к узлам/рёбрам нет.
+
+CREATE TABLE IF NOT EXISTS bio_pathways (
+  id        INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+  slug      TEXT    NOT NULL UNIQUE,
+  name      TEXT    NOT NULL,
+  color     TEXT    NOT NULL DEFAULT '#9B5DE5',
+  ord       INTEGER NOT NULL DEFAULT 0,
+  data_json TEXT    NOT NULL DEFAULT '{}'
+);

backend/src/routes/biochem.js

@@ -14,6 +14,7 @@ router.post('/challenges/:id/solve',  c.solveChallenge);
 router.get('/saved',                  c.getSaved);
 router.post('/saved',                 c.saveMolecule);
 router.delete('/saved/:id',           c.deleteSaved);
+router.get('/pathways',               c.getPathways);
 router.get('/pathways/progress',      c.getPathwayProgress);
 router.post('/pathways/progress',     c.savePathwayProgress);
 

frontend/biochem-pathways.html

@@ -475,244 +475,7 @@
 // ═══════════════════════════════════════════════════════
 // PATHWAY DATA
 // ═══════════════════════════════════════════════════════
-const PATHWAYS = {
+let PATHWAYS = {};   // данные путей грузятся из БД через API в init() (loadPathways)
-  glycolysis: {
-    name: 'Гликолиз',
-    color: '#f59e0b',
-    colorRgb: '245,158,11',
-    desc: '10 реакций расщепления глюкозы до пирувата. Происходит в цитоплазме. Выход: 2 АТФ (нетто), 2 НАДН, 2 пируват.',
-    stats: [
-      { label: '−2 АТФ <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> +4 АТФ', cls: 'atp' },
-      { label: '2 НАДН', cls: 'nadh' },
-    ],
-    legend: [
-      { color: '#f59e0b', type: 'circle', label: 'Метаболит' },
-      { color: '#f59e0b', type: 'line', label: 'Реакция' },
-      { color: '#f59e0b88', type: 'circle-sm', label: 'Кофактор (АТФ/НАД)' },
-    ],
-    // nodes: id, label, formula, x, y, role
-    nodes: [
-      { id:'glc',   label:'Глюкоза',     formula:'C₆H₁₂O₆', x:400, y:60,  role:'substrate', desc:'Исходный субстрат гликолиза. 6-углеродный сахар, главный источник энергии клетки.', props:[] },
-      { id:'g6p',   label:'Глюкозо-6-Ф', formula:'C₆H₁₃O₉P', x:400, y:145, role:'inter', desc:'Глюкозо-6-фосфат. Образуется при фосфорилировании глюкозы за счёт АТФ. Удерживает молекулу в клетке.', props:['−1 АТФ'] },
-      { id:'f6p',   label:'Фруктозо-6-Ф',formula:'C₆H₁₃O₉P', x:400, y:225, role:'inter', desc:'Изомер глюкозо-6-фосфата. Образуется при изомеризации ферментом фосфоглюкоизомеразой.', props:[] },
-      { id:'f16bp', label:'Фруктозо-1,6-бФ',formula:'C₆H₁₄O₁₂P₂', x:400, y:310, role:'key', desc:'Фруктозо-1,6-бисфосфат — ключевой регуляторный метаболит. Образование катализирует фосфофруктокиназа-1 (ФФК-1).', props:['−1 АТФ', 'Контроль скорости'] },
-      { id:'dhap',  label:'ДГАФ',         formula:'C₃H₇O₆P',  x:260, y:395, role:'inter', desc:'Дигидроксиацетонфосфат — один из двух триозофосфатов при расщеплении фруктозо-1,6-бисфосфата. Быстро конвертируется в ГАФ.', props:[] },
-      { id:'gap',   label:'ГАФ',          formula:'C₃H₇O₆P',  x:540, y:395, role:'inter', desc:'Глицеральдегид-3-фосфат (ГАФ) — непосредственный субстрат следующих реакций. Оба триозофосфата канализируются через ГАФ.', props:[] },
-      { id:'bpg',   label:'1,3-бФГ',      formula:'C₃H₈O₁₀P₂',x:540, y:480, role:'inter', desc:'1,3-бисфосфоглицерат. Образуется при окислении ГАФ, сопряжённом с восстановлением НАД⁺ в НАДН.', props:['2 НАДН'] },
-      { id:'pg3',   label:'3-ФГК',        formula:'C₃H₇O₇P',  x:540, y:560, role:'inter', desc:'3-фосфоглицерат. Образуется при субстратном фосфорилировании АДФ <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> АТФ ферментом фосфоглицераткиназой.', props:['+2 АТФ'] },
-      { id:'pg2',   label:'2-ФГК',        formula:'C₃H₇O₇P',  x:540, y:635, role:'inter', desc:'2-фосфоглицерат. Образуется при перемещении фосфатной группы с 3 на 2 положение.', props:[] },
-      { id:'pep',   label:'ФЕП',          formula:'C₃H₅O₆P',  x:540, y:710, role:'inter', desc:'Фосфоенолпируват (ФЕП) — высокоэнергетический промежуточный продукт. Образуется при дегидратации 2-ФГК.', props:[] },
-      { id:'pyr',   label:'Пируват',      formula:'C₃H₄O₃',   x:400, y:795, role:'product', desc:'Конечный продукт гликолиза. В аэробных условиях переходит в ацетил-КоА (цикл Кребса). В анаэробных <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> лактат или этанол.', props:['+2 АТФ', '2 молекулы'] },
-    ],
-    edges: [
-      { from:'glc',  to:'g6p',   enzyme:'Гексокиназа', co:'-АТФ', curveX:0 },
-      { from:'g6p',  to:'f6p',   enzyme:'ФГИ', curveX:0 },
-      { from:'f6p',  to:'f16bp', enzyme:'ФФК-1', co:'-АТФ', curveX:0 },
-      { from:'f16bp',to:'dhap',  enzyme:'Альдолаза', curveX:0 },
-      { from:'f16bp',to:'gap',   enzyme:'Альдолаза', curveX:0 },
-      { from:'dhap', to:'gap',   enzyme:'ТФИ', curveX:0 },
-      { from:'gap',  to:'bpg',   enzyme:'ГАФДГ', co:'+НАДН', curveX:0 },
-      { from:'bpg',  to:'pg3',   enzyme:'ФГК', co:'+АТФ', curveX:0 },
-      { from:'pg3',  to:'pg2',   enzyme:'Фосфоглицератмутаза', curveX:0 },
-      { from:'pg2',  to:'pep',   enzyme:'Енолаза', curveX:0 },
-      { from:'pep',  to:'pyr',   enzyme:'Пируваткиназа', co:'+АТФ', curveX:0 },
-    ],
-    steps: [
-      {
-        title:'Фосфорилирование глюкозы',
-        mol:'g6p',
-        desc:'Гексокиназа катализирует перенос фосфатной группы с АТФ на глюкозу, образуя глюкозо-6-фосфат (Г6Ф). Реакция необратима и «ловит» глюкозу в клетке.',
-        energy:[{label:'-1 АТФ', cls:'atp-used'}],
-        quiz:{ q:'Зачем глюкозу фосфорилируют в первой реакции?', opts:['Для выхода из клетки','Чтобы удержать глюкозу в клетке','Для образования НАДН','Для расщепления кольца'], ans:1 }
-      },
-      {
-        title:'Изомеризация',
-        mol:'f6p',
-        desc:'Фосфоглюкоизомераза превращает Г6Ф в фруктозо-6-фосфат (Ф6Ф). Реакция обратима и перестраивает альдозный сахар в кетозный.',
-        energy:[],
-        quiz:{ q:'Какой фермент катализирует изомеризацию Г6Ф <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> Ф6Ф?', opts:['Гексокиназа','Альдолаза','Фосфоглюкоизомераза','Пируваткиназа'], ans:2 }
-      },
-      {
-        title:'Ключевой контрольный шаг',
-        mol:'f16bp',
-        desc:'Фосфофруктокиназа-1 (ФФК-1) фосфорилирует Ф6Ф <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> фруктозо-1,6-бисфосфат. Это необратимая реакция — главный регуляторный пункт гликолиза. АТФ ингибирует, АМФ/АДФ активирует.',
-        energy:[{label:'-1 АТФ', cls:'atp-used'}],
-        quiz:{ q:'Что является главным аллостерическим активатором ФФК-1?', opts:['АТФ','АМФ','НАДН','Пируват'], ans:1 }
-      },
-      {
-        title:'Расщепление на триозы',
-        mol:'gap',
-        desc:'Альдолаза расщепляет фруктозо-1,6-бисфосфат на два триозофосфата: ДГАФ и ГАФ (глицеральдегид-3-фосфат). Триозофосфатизомераза быстро конвертирует ДГАФ <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> ГАФ.',
-        energy:[],
-        quiz:{ q:'Сколько молекул ГАФ образуется из одной глюкозы?', opts:['1','2','3','4'], ans:1 }
-      },
-      {
-        title:'Окислительное фосфорилирование',
-        mol:'bpg',
-        desc:'ГАФДГ окисляет ГАФ и присоединяет неорганический фосфат <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> 1,3-бисфосфоглицерат. Сопряжено с восстановлением НАД⁺ <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> НАДН. Реакция субстратного фосфорилирования.',
-        energy:[{label:'+2 НАДН', cls:'nadh'}],
-        quiz:{ q:'Чем восстанавливается НАД⁺ в этой реакции?', opts:['ГАФ','Пируват','ДГАФ','АТФ'], ans:0 }
-      },
-      {
-        title:'Первая выработка АТФ',
-        mol:'pg3',
-        desc:'Фосфоглицераткиназа переносит фосфат с 1,3-бФГ на АДФ <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> АТФ. Это субстратное фосфорилирование — первый синтез АТФ в гликолизе. С каждой глюкозы получаем 2 АТФ.',
-        energy:[{label:'+2 АТФ', cls:'atp-prod'}],
-        quiz:{ q:'Как называется тип синтеза АТФ в этой реакции?', opts:['Окислительное фосфорилирование','Субстратное фосфорилирование','Фотофосфорилирование','Трансфосфорилирование'], ans:1 }
-      },
-      {
-        title:'Мутация фосфатной группы',
-        mol:'pg2',
-        desc:'Фосфоглицератмутаза перемещает фосфатную группу с 3-го на 2-е углеродное положение, подготавливая молекулу к дегидратации.',
-        energy:[],
-        quiz:{ q:'Какой продукт образуется из 3-ФГК под действием мутазы?', opts:['ФЕП','2-ФГК','Пируват','1,3-бФГ'], ans:1 }
-      },
-      {
-        title:'Образование ФЕП',
-        mol:'pep',
-        desc:'Енолаза катализирует дегидратацию 2-фосфоглицерата <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> фосфоенолпируват (ФЕП). ФЕП — высокоэнергетический соединение с большой отрицательной ΔG° гидролиза фосфата.',
-        energy:[],
-        quiz:{ q:'Почему ФЕП называют «высокоэнергетическим»?', opts:['Содержит много атомов С','Большая ΔG° гидролиза фосфатной связи','Растворяется в жирах','Содержит двойную связь'], ans:1 }
-      },
-      {
-        title:'Финальная реакция — пируват',
-        mol:'pyr',
-        desc:'Пируваткиназа переносит фосфат с ФЕП на АДФ <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> АТФ + пируват. Необратимая реакция. Итог: из 1 глюкозы 2 пирувата, 2 НАДН, +2 АТФ нетто.',
-        energy:[{label:'+2 АТФ', cls:'atp-prod'},{label:'2 пируват', cls:'co2'}],
-        quiz:{ q:'Каков нетто-выход АТФ на 1 молекулу глюкозы в гликолизе?', opts:['1','2','4','36'], ans:1 }
-      },
-    ]
-  },
-
-  krebs: {
-    name: 'Цикл Кребса',
-    color: '#06b6d4',
-    colorRgb: '6,182,212',
-    desc: '8 реакций окисления ацетил-КоА. Происходит в матриксе митохондрий. Выход на 1 оборот: 3 НАДН, 1 ФАДН₂, 1 ГТФ, 2 СО₂.',
-    stats: [
-      { label: '3 НАДН / оборот', cls: 'nadh' },
-      { label: '2 CO₂', cls: 'co2' },
-      { label: '1 ГТФ', cls: 'atp' },
-    ],
-    legend: [
-      { color: '#06b6d4', type: 'circle', label: 'Промежуточный метаболит' },
-      { color: '#06b6d4', type: 'line', label: 'Реакция цикла' },
-    ],
-    nodes: [
-      { id:'acetcoa', label:'Ацетил-КоА', formula:'CH₃CO-SCoA',x:440, y:80,  role:'substrate', desc:'Активированный ацетат. Образуется из пирувата (гликолиз), жирных кислот (β-окисление) и аминокислот.', props:['Входит в цикл'] },
-      { id:'oaa',     label:'ОАА',        formula:'C₄H₄O₅',    x:260, y:140, role:'key', desc:'Оксалоацетат — акцептор ацетил-КоА. Регенерируется в каждом обороте цикла. Ключевой анаплеротический метаболит.', props:['Акцептор'] },
-      { id:'cit',     label:'Цитрат',     formula:'C₆H₈O₇',    x:160, y:260, role:'inter', desc:'Цитрат — первый продукт цикла. Синтезируется цитратсинтазой из ацетил-КоА и ОАА.', props:[] },
-      { id:'isocit',  label:'Изоцитрат',  formula:'C₆H₈O₇',    x:120, y:390, role:'inter', desc:'Изоцитрат — изомер цитрата. Субстрат изоцитратдегидрогеназы — ключевого регуляторного фермента.', props:[] },
-      { id:'akg',     label:'α-КГ',       formula:'C₅H₆O₅',    x:160, y:520, role:'inter', desc:'α-кетоглутарат (α-КГ). Образуется при окислительном декарбоксилировании изоцитрата. Выделяется CO₂.', props:['−CO₂','+НАДН'] },
-      { id:'succoa',  label:'Сукцинил-КоА',formula:'C₅H₆O₃S',  x:300, y:620, role:'inter', desc:'Сукцинил-КоА — высокоэнергетический тиоэфир. Образуется при окислительном декарбоксилировании α-КГ.', props:['+НАДН','+ГТФ','-CO₂'] },
-      { id:'succ',    label:'Сукцинат',   formula:'C₄H₆O₄',    x:480, y:620, role:'inter', desc:'Сукцинат. Окисляется сукцинатдегидрогеназой (СДГ) — единственным мембранным ферментом цикла.', props:['+ФАДН₂'] },
-      { id:'fum',     label:'Фумарат',    formula:'C₄H₄O₄',    x:620, y:520, role:'inter', desc:'Фумарат — транс-изомер. Образуется при окислении сукцината. Гидратируется фумаразой.', props:[] },
-      { id:'mal',     label:'Малат',      formula:'C₄H₆O₅',    x:660, y:390, role:'inter', desc:'Малат (яблочная кислота). Образуется при гидратации фумарата. Окисляется малатдегидрогеназой.', props:['+НАДН'] },
-    ],
-    edges: [
-      { from:'acetcoa',to:'cit',    enzyme:'Цитратсинтаза',          co:'+ОАА', curveX:0 },
-      { from:'oaa',    to:'cit',    enzyme:'',                        curveX:0 },
-      { from:'cit',    to:'isocit', enzyme:'Аконитаза',               curveX:0 },
-      { from:'isocit', to:'akg',    enzyme:'ИзоцитратДГ',             co:'+НАДН,-CO₂', curveX:0 },
-      { from:'akg',    to:'succoa', enzyme:'α-КГДГ-комплекс',         co:'+НАДН,-CO₂', curveX:0 },
-      { from:'succoa', to:'succ',   enzyme:'Сукцинил-КоА-синтетаза',  co:'+ГТФ', curveX:0 },
-      { from:'succ',   to:'fum',    enzyme:'Сукцинатдегидрогеназа',   co:'+ФАДН₂', curveX:0 },
-      { from:'fum',    to:'mal',    enzyme:'Фумараза',                 curveX:0 },
-      { from:'mal',    to:'oaa',    enzyme:'МалатДГ',                  co:'+НАДН', curveX:0 },
-    ],
-    steps: [
-      { title:'Конденсация с ОАА', mol:'cit', desc:'Цитратсинтаза присоединяет ацетил-КоА (2C) к оксалоацетату (4C) <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> цитрат (6C). Это необратимая реакция, запускающая цикл.', energy:[], quiz:{q:'Сколько углеродов в цитрате?', opts:['2','4','6','8'], ans:2} },
-      { title:'Изомеризация цитрата', mol:'isocit', desc:'Аконитаза через промежуточный цис-аконитат превращает цитрат в изоцитрат. Реакция обратима, равновесие сдвинуто в сторону цитрата.', energy:[], quiz:{q:'Какой фермент изомеризует цитрат?', opts:['Фумараза','Аконитаза','Малатдегидрогеназа','Цитратсинтаза'], ans:1} },
-      { title:'Первое окислительное декарбоксилирование', mol:'akg', desc:'Изоцитратдегидрогеназа окисляет изоцитрат <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> α-кетоглутарат с выделением CO₂ и НАДН. Ключевой регуляторный шаг — активируется изоцитратом, ингибируется НАДН.', energy:[{label:'+НАДН',cls:'nadh'},{label:'-CO₂',cls:'co2'}], quiz:{q:'Сколько углеродов в α-кетоглутарате?', opts:['2','4','5','6'], ans:2} },
-      { title:'Второе окислительное декарбоксилирование', mol:'succoa', desc:'α-кетоглутаратдегидрогеназный комплекс (аналог ПДК) окисляет α-КГ <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> сукцинил-КоА. Выделяется ещё одна CO₂ и НАДН.', energy:[{label:'+НАДН',cls:'nadh'},{label:'-CO₂',cls:'co2'}], quiz:{q:'Чем структурно похож α-КГДК на пируватдегидрогеназный комплекс?', opts:['Использует ФАДН₂','Механизм окислительного декарбоксилирования с КоА','Находится в цитоплазме','Требует витамин К'], ans:1} },
-      { title:'Субстратное фосфорилирование', mol:'succ', desc:'Сукцинил-КоА-синтетаза расщепляет тиоэфирную связь сукцинил-КоА, сопрягая это с синтезом ГТФ (или АТФ). Единственная реакция субстратного фосфорилирования в цикле.', energy:[{label:'+ГТФ',cls:'atp-prod'}], quiz:{q:'Что синтезируется при реакции сукцинил-КоА-синтетазы?', opts:['НАДН','ФАДН₂','ГТФ','CO₂'], ans:2} },
-      { title:'Окисление сукцината', mol:'fum', desc:'Сукцинатдегидрогеназа (комплекс II дыхательной цепи) окисляет сукцинат <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> фумарат, восстанавливая ФАД <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> ФАДН₂.', energy:[{label:'+ФАДН₂',cls:'fadh2'}], quiz:{q:'К какому комплексу дыхательной цепи относится СДГ?', opts:['Комплекс I','Комплекс II','Комплекс III','АТФ-синтаза'], ans:1} },
-      { title:'Гидратация фумарата', mol:'mal', desc:'Фумараза присоединяет воду к фумарату <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> L-малат. Реакция стереоспецифична — образуется только L-изомер.', energy:[], quiz:{q:'Что присоединяется к фумарату в этой реакции?', opts:['CO₂','АТФ','H₂O','НАДН'], ans:2} },
-      { title:'Регенерация ОАА', mol:'oaa', desc:'Малатдегидрогеназа окисляет малат <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> оксалоацетат с образованием НАДН. Регенерируется акцептор для следующего оборота цикла.', energy:[{label:'+НАДН',cls:'nadh'}], quiz:{q:'Сколько оборотов цикла Кребса нужно на 1 молекулу глюкозы?', opts:['1','2','4','10'], ans:1} },
-    ]
-  },
-
-  oxidation: {
-    name: 'β-Окисление',
-    color: '#fb923c',
-    colorRgb: '251,146,60',
-    desc: 'Повторяющиеся циклы окисления жирных кислот в митохондриях. Каждый цикл отщепляет 2C в виде ацетил-КоА и выделяет 1 НАДН + 1 ФАДН₂.',
-    stats: [
-      { label: '+НАДН / цикл', cls: 'nadh' },
-      { label: '+ФАДН₂', cls: 'nadh' },
-      { label: '+Ацетил-КоА', cls: 'atp' },
-    ],
-    legend: [
-      { color: '#fb923c', type: 'circle', label: 'Промежуточный продукт' },
-      { color: '#fb923c', type: 'line', label: 'Реакция β-окисления' },
-    ],
-    nodes: [
-      { id:'fac',     label:'Жирная к-та',formula:'R-COOH',      x:400, y:60,  role:'substrate', desc:'Свободная жирная кислота (напр. пальмитиновая C₁₆). Активируется в ацил-КоА перед входом в митохондрии.', props:[] },
-      { id:'acylcoa', label:'Ацил-КоА',   formula:'R-CO-SCoA',   x:400, y:150, role:'key', desc:'Активированная жирная кислота. Образуется при участии ацил-КоА-синтетазы за счёт АТФ (<svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg>АМФ+PPi). Не проходит через мембрану — транспортируется как карнитиновый эфир.', props:['-АТФ (<svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg>АМФ)'] },
-      { id:'enoylcoa',label:'Транс-еноил-КоА',formula:'R-CH=CH-CO-SCoA',x:400,y:250,role:'inter',desc:'Транс-Δ²-еноил-КоА. Образуется при ФАД-зависимом окислении ацил-КоА ацил-КоА-дегидрогеназой.', props:['+ФАДН₂'] },
-      { id:'hydroxy', label:'L-β-гидрокси-КоА',formula:'R-CHOH-CH₂-CO-SCoA',x:400,y:345,role:'inter',desc:'L-β-гидроксиацил-КоА. Образуется при гидратации двойной связи еноил-КоА гидратазой.', props:[] },
-      { id:'ketoacoa',label:'β-кето-КоА',  formula:'R-CO-CH₂-CO-SCoA',x:400,y:440,role:'inter',desc:'β-кетоацил-КоА. Образуется при НАД⁺-зависимом окислении L-β-гидроксиацил-КоА.', props:['+НАДН'] },
-      { id:'newacyl', label:'Ацил-КоА (−2C)',formula:'R\'—CO-SCoA', x:240, y:540, role:'inter', desc:'Укороченный на 2 углерода ацил-КоА. Возвращается на начало цикла β-окисления.', props:['Следующий цикл'] },
-      { id:'acetcoa2',label:'Ацетил-КоА',  formula:'CH₃CO-SCoA',  x:560, y:540, role:'product', desc:'Ацетил-КоА — входит в цикл Кребса. Из пальмитиновой кислоты (C₁₆) образуется 8 ацетил-КоА за 7 циклов β-окисления.', props:['<svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> Цикл Кребса'] },
-    ],
-    edges: [
-      { from:'fac',     to:'acylcoa',  enzyme:'Ацил-КоА-синтетаза', co:'-АТФ', curveX:0 },
-      { from:'acylcoa', to:'enoylcoa', enzyme:'Ацил-КоА-ДГ',         co:'+ФАДН₂', curveX:0 },
-      { from:'enoylcoa',to:'hydroxy',  enzyme:'Еноил-КоА-гидратаза', curveX:0 },
-      { from:'hydroxy', to:'ketoacoa', enzyme:'L-3-гидроксиацил-КоА-ДГ', co:'+НАДН', curveX:0 },
-      { from:'ketoacoa',to:'newacyl',  enzyme:'Тиолаза', curveX:0 },
-      { from:'ketoacoa',to:'acetcoa2', enzyme:'Тиолаза', curveX:0 },
-      { from:'newacyl', to:'acylcoa',  enzyme:'Повтор цикла', curveX:-60 },
-    ],
-    steps: [
-      { title:'Активация жирной кислоты', mol:'acylcoa', desc:'Ацил-КоА-синтетаза присоединяет КоА к жирной кислоте, образуя ацил-КоА. Расходуется АТФ (<svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg>АМФ+PPi, что эквивалентно 2 АТФ). Это происходит в цитоплазме.', energy:[{label:'-2 АТФ',cls:'atp-used'}], quiz:{q:'Где происходит активация жирной кислоты в ацил-КоА?', opts:['В митохондриях','В ядре','В цитоплазме','В рибосомах'], ans:2} },
-      { title:'ФАД-зависимое окисление', mol:'enoylcoa', desc:'Ацил-КоА-дегидрогеназа окисляет ацил-КоА, вводя двойную связь между α и β углеродами <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> транс-Δ²-еноил-КоА. ФАД восстанавливается до ФАДН₂.', energy:[{label:'+ФАДН₂',cls:'fadh2'}], quiz:{q:'Какой кофактор восстанавливается в первой реакции β-окисления?', opts:['НАД⁺','ФАД','ГТФ','КоА'], ans:1} },
-      { title:'Гидратация двойной связи', mol:'hydroxy', desc:'Еноил-КоА-гидратаза присоединяет воду по двойной связи <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> L-β-гидроксиацил-КоА. Реакция стереоспецифична.', energy:[], quiz:{q:'Что присоединяется в реакции гидратации еноил-КоА?', opts:['CO₂','O₂','H₂O','НАД⁺'], ans:2} },
-      { title:'НАД⁺-зависимое окисление', mol:'ketoacoa', desc:'L-3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназа окисляет гидроксильную группу <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> кетогруппу, восстанавливая НАД⁺ <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> НАДН.', energy:[{label:'+НАДН',cls:'nadh'}], quiz:{q:'Какая группа окисляется в этой реакции?', opts:['Карбоксильная','Аминогруппа','Гидроксильная','Метильная'], ans:2} },
-      { title:'Тиолитическое расщепление', mol:'acetcoa2', desc:'Тиолаза расщепляет β-кетоацил-КоА присоединением КоА <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> ацетил-КоА (2C) + укороченный ацил-КоА. Цикл повторяется.', energy:[{label:'+Ацетил-КоА',cls:'atp-prod'}], quiz:{q:'Сколько ацетил-КоА образуется из пальмитиновой кислоты (C16)?', opts:['4','6','7','8'], ans:3} },
-    ]
-  },
-
-  synthesis: {
-    name: 'Синтез белка',
-    color: '#a78bfa',
-    colorRgb: '167,139,250',
-    desc: 'Трансляция — считывание мРНК рибосомой и полимеризация аминокислот в полипептидную цепь.',
-    stats: [
-      { label: '~2 ГТФ / аминокислота', cls: 'atp' },
-      { label: 'мРНК <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> белок', cls: 'nadh' },
-    ],
-    legend: [
-      { color: '#a78bfa', type: 'circle', label: 'Участник трансляции' },
-      { color: '#a78bfa', type: 'line', label: 'Этап синтеза' },
-    ],
-    nodes: [
-      { id:'mrna',    label:'мРНК',          formula:'5′-AUG…-3′',  x:400, y:60,  role:'substrate', desc:'Матричная РНК — несёт генетическую информацию от ДНК к рибосоме в виде кодонов (триплетов нуклеотидов).', props:['Матрица'] },
-      { id:'ribosome',label:'Рибосома',       formula:'60S+40S',     x:400, y:160, role:'key', desc:'Эукариотическая рибосома (80S). Состоит из малой (40S) и большой (60S) субъединиц. Имеет 3 сайта: A (аминоацильный), P (пептидильный), E (выход).', props:['A-P-E сайты'] },
-      { id:'trna',    label:'аминоацил-тРНК', formula:'aa-tRNA',     x:230, y:260, role:'inter', desc:'тРНК с присоединённой аминокислотой. Распознаёт кодон мРНК через антикодон. Доставляется в A-сайт в комплексе с EF-Tu·ГТФ.', props:['-2 ГТФ'] },
-      { id:'peptide', label:'Растущая цепь',  formula:'...aa-aa-aa', x:560, y:260, role:'inter', desc:'Нарастающая полипептидная цепь в P-сайте. Пептидилтрансфераза (23S rRNA) катализирует образование пептидной связи.', props:['P-сайт'] },
-      { id:'peptbond',label:'Пептидная связь',formula:'—CO—NH—',     x:400, y:360, role:'inter', desc:'Образование пептидной связи катализируется рибозимом (23S rRNA) — пептидилтрансферазой. Выделяется тРНК из P-сайта.', props:[] },
-      { id:'translo', label:'Транслокация',   formula:'EF-G·ГТФ',   x:400, y:460, role:'inter', desc:'Фактор EF-G (с ГТФ) сдвигает рибосому на 1 кодон (3 нт) в направлении 5′<svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg>3′. Освобождается Е-сайт. Расходуется ГТФ.', props:['-1 ГТФ'] },
-      { id:'protein', label:'Белок',          formula:'[полипептид]', x:400, y:560, role:'product', desc:'Готовый полипептид. Освобождается при встрече со стоп-кодоном (UAA, UAG, UGA) при участии факторов высвобождения RF1/RF2.', props:['Готовый продукт'] },
-    ],
-    edges: [
-      { from:'mrna',    to:'ribosome', enzyme:'Инициация (eIF)', curveX:0 },
-      { from:'ribosome',to:'trna',     enzyme:'Декодирование', curveX:0 },
-      { from:'trna',    to:'peptbond', enzyme:'Пептидилтрансфераза', curveX:0 },
-      { from:'peptide', to:'peptbond', enzyme:'', curveX:0 },
-      { from:'peptbond',to:'translo',  enzyme:'EF-G·ГТФ', curveX:0 },
-      { from:'translo', to:'protein',  enzyme:'Терминация (RF)', curveX:0 },
-      { from:'translo', to:'ribosome', enzyme:'Следующий кодон', curveX:-70 },
-    ],
-    steps: [
-      { title:'Инициация', mol:'ribosome', desc:'Малая субъединица рибосомы распознаёт 5′-кэп мРНК при помощи факторов инициации (eIF4E/4G). Инициаторная Met-тРНК занимает P-сайт. Присоединяется большая субъединица.', energy:[{label:'-3 ГТФ',cls:'atp-used'}], quiz:{q:'Какой сайт занимает инициаторная Met-тРНК?', opts:['A-сайт','P-сайт','E-сайт','Все три'], ans:1} },
-      { title:'Элонгация — доставка аа-тРНК', mol:'trna', desc:'EF-Tu·ГТФ доставляет аминоацил-тРНК в A-сайт. При правильном спаривании кодон–антикодон ГТФ гидролизуется, EF-Tu·ГДФ уходит.', energy:[{label:'-1 ГТФ',cls:'atp-used'}], quiz:{q:'Какой фактор доставляет аа-тРНК в А-сайт?', opts:['EF-G','EF-Tu','eIF2','RF1'], ans:1} },
-      { title:'Пептидная связь', mol:'peptbond', desc:'Пептидилтрансфераза переносит пептидильную группу с P-сайта на аминогруппу в A-сайте, образуя пептидную связь. Энергия — из гидролиза аминоацильной связи тРНК.', energy:[], quiz:{q:'Что катализирует образование пептидной связи?', opts:['Белковый фермент','23S rRNA (рибозим)','ДНК-полимераза','АТФ-синтаза'], ans:1} },
-      { title:'Транслокация', mol:'translo', desc:'EF-G·ГТФ сдвигает рибосому на 3 нуклеотида по мРНК. Цепь с тРНК перемещается из A <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> P, пустая тРНК из P <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> E и уходит. Расходуется ГТФ.', energy:[{label:'-1 ГТФ',cls:'atp-used'}], quiz:{q:'На сколько нуклеотидов сдвигается рибосома при транслокации?', opts:['1','2','3','4'], ans:2} },
-      { title:'Терминация и высвобождение', mol:'protein', desc:'Стоп-кодон (UAA/UAG/UGA) распознаётся факторами высвобождения RF1/RF2. Пептидилтрансфераза гидролизует связь пептид-тРНК <svg class="ic" viewBox="0 0 24 24"><line x1="5" y1="12" x2="19" y2="12"/><polyline points="12 5 19 12 12 19"/></svg> белок освобождается. Рибосома диссоциирует.', energy:[], quiz:{q:'Сколько стоп-кодонов существует?', opts:['1','2','3','4'], ans:2} },
-    ]
-  }
-};
 
 // ═══════════════════════════════════════════════════════
 // STATE
@@ -1060,6 +823,17 @@ function clickNode(id) {
 // ═══════════════════════════════════════════════════════
 // LEARN MODE
 // ═══════════════════════════════════════════════════════
+// ── Загрузка данных путей из БД (API) ──
+async function loadPathways() {
+  try {
+    const data = await LS.biochemGetPathways();
+    if (data && Object.keys(data).length) PATHWAYS = data;
+  } catch (e) {
+    LS.toast?.('Не удалось загрузить пути', 'error');
+  }
+  if (!PATHWAYS[currentPath]) currentPath = Object.keys(PATHWAYS)[0] || currentPath;
+}
+
 // ── Прогресс прохождения путей (персистентность Learn-режима) ──
 let _pathProgress = {};
 async function loadPathProgress() {
@@ -1253,6 +1027,7 @@ async function init() {
 
   // wait for layout
   await new Promise(r => setTimeout(r, 60));
+  await loadPathways();   // данные путей из БД
   renderPath();
   renderPathInfo();
   loadPathProgress();   // отметить пройденные пути галочкой

js/api.js

@@ -943,6 +943,7 @@ async function biochemSolveChallenge(id,payload)    { return req('POST',`/bioche
 async function biochemGetSaved()         { return req('GET', '/biochem/saved'); }
 async function biochemSave(atoms,bonds,name){ return req('POST','/biochem/saved',{atoms,bonds,name}); }
 async function biochemDeleteSaved(id)    { return req('DELETE',`/biochem/saved/${id}`); }
+async function biochemGetPathways()                   { return req('GET', '/biochem/pathways'); }
 async function biochemGetPathwayProgress()            { return req('GET', '/biochem/pathways/progress'); }
 async function biochemSavePathwayProgress(pathway,step,completed){ return req('POST','/biochem/pathways/progress',{pathway,step,completed}); }
 
@@ -1067,7 +1068,7 @@ window.LS = {
   biochemGetElements, biochemGetMolecules, biochemGetMolecule, biochemValidate,
   biochemGetReactions, biochemGetChallenges, biochemSolveChallenge,
   biochemGetSaved, biochemSave, biochemDeleteSaved,
-  biochemGetPathwayProgress, biochemSavePathwayProgress,
+  biochemGetPathways, biochemGetPathwayProgress, biochemSavePathwayProgress,
   prefs: lsPrefs,
 };