feat(biochem): Фаза 4 (4.1-4.3) — пути метаболизма из БД (API), хардкод убран

Перенос данных путей из ~700 строк инлайн-объекта PATHWAYS в biochem-pathways.html
в БД. Document-подход: каждый путь — самодостаточный документ data_json (граф
узлов/рёбер + шаги с квизами); путь всегда читается целиком, реляционных
запросов нет — нормализация не нужна.

- migration 045_bio_pathways: таблица bio_pathways(slug, name, color, ord, data_json).
- backend/scripts/biochem_pathways_data.js: данные 4 путей (извлечены из инлайн-
  объекта, теперь самодостаточный источник правды).
- seed_biochem_pathways.js: идемпотентный upsert по slug.
- biochemController.getPathways + GET /biochem/pathways (карта slug->данные).
- js/api.js: biochemGetPathways.
- biochem-pathways.html: инлайн PATHWAYS (-238 строк) заменён на загрузку из API
  в init (loadPathways); форма данных идентична — рендер не изменён.

Проверено: API отдаёт 4 пути в форме фронта, сидер идемпотентен.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

backend/scripts/seed_biochem_pathways.js

@@ -0,0 +1,42 @@
+'use strict';
+/*
+ * Сид метаболических путей в bio_pathways.
+ * Источник данных — backend/scripts/data/biochem_pathways.json (изначально
+ * извлечён из инлайн-объекта PATHWAYS; теперь это самодостаточный источник
+ * правды, не зависящий от фронта). Каждый путь — документ data_json.
+ * Идемпотентно (upsert по slug): повторный запуск синхронизирует данные.
+ *
+ * Запуск: node backend/scripts/seed_biochem_pathways.js
+ */
+const db = require('../src/db/db');
+const P = require('./biochem_pathways_data');
+
+const upsert = db.prepare(`INSERT INTO bio_pathways (slug, name, color, ord, data_json)
+  VALUES (@slug, @name, @color, @ord, @data_json)
+  ON CONFLICT(slug) DO UPDATE SET
+    name=excluded.name, color=excluded.color, ord=excluded.ord, data_json=excluded.data_json`);
+
+const slugs = Object.keys(P);
+let n = 0;
+db.exec('BEGIN');
+try {
+  slugs.forEach((slug, idx) => {
+    const p = P[slug];
+    upsert.run({
+      slug,
+      name: p.name || slug,
+      color: p.color || '#9B5DE5',
+      ord: idx,
+      data_json: JSON.stringify(p),
+    });
+    n++;
+  });
+  db.exec('COMMIT');
+} catch (e) {
+  db.exec('ROLLBACK');
+  throw e;
+}
+
+console.log(`biochem pathways seed: ${n} путь(ей) — ${slugs.join(', ')}`);
+console.log('в БД:', db.prepare('SELECT slug, name, LENGTH(data_json) AS bytes FROM bio_pathways ORDER BY ord').all()
+  .map(r => `${r.slug}(${r.bytes}b)`).join('  '));

backend/src/controllers/biochemController.js

@@ -321,6 +321,14 @@ function deleteSaved(req, res) {
   res.json({ ok: true });
 }
 
+/* ── GET /api/biochem/pathways — все пути из БД (карта slug → данные) ──── */
+const stmtsPathways = db.prepare('SELECT slug, data_json FROM bio_pathways ORDER BY ord');
+function getPathways(_req, res) {
+  const out = {};
+  for (const r of stmtsPathways.all()) out[r.slug] = tryParse(r.data_json, {});
+  res.json(out);
+}
+
 /* ── Прогресс прохождения путей (Learn-режим) ────────────────────────── */
 const PATHWAY_XP = 80;
 const stmtsPath = {
@@ -369,7 +377,7 @@ module.exports = {
   getElements, getMolecules, getMolecule, validate,
   getReactions, getChallenges, solveChallenge,
   getSaved, saveMolecule, deleteSaved,
-  getPathwayProgress, savePathwayProgress,
+  getPathways, getPathwayProgress, savePathwayProgress,
   // экспортируется для тестов структурной проверки
   structuralMatch, canonicalHash,
 };

backend/src/db/migrations/045_bio_pathways.sql

@@ -0,0 +1,15 @@
+-- 045_bio_pathways.sql
+-- Метаболические пути как данные (вместо ~700 строк хардкода в
+-- biochem-pathways.html). Каждый путь — самодостаточный документ (граф узлов
+-- и рёбер + шаги Learn-режима с квизами) в data_json; страница грузит их через
+-- API. Document-подход выбран намеренно: путь всегда читается целиком,
+-- реляционных запросов к узлам/рёбрам нет.
+
+CREATE TABLE IF NOT EXISTS bio_pathways (
+  id        INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+  slug      TEXT    NOT NULL UNIQUE,
+  name      TEXT    NOT NULL,
+  color     TEXT    NOT NULL DEFAULT '#9B5DE5',
+  ord       INTEGER NOT NULL DEFAULT 0,
+  data_json TEXT    NOT NULL DEFAULT '{}'
+);

backend/src/routes/biochem.js

@@ -14,6 +14,7 @@ router.post('/challenges/:id/solve',  c.solveChallenge);
 router.get('/saved',                  c.getSaved);
 router.post('/saved',                 c.saveMolecule);
 router.delete('/saved/:id',           c.deleteSaved);
+router.get('/pathways',               c.getPathways);
 router.get('/pathways/progress',      c.getPathwayProgress);
 router.post('/pathways/progress',     c.savePathwayProgress);