feat(biochem): Фаза 2.1/2.2/2.4 — серверный chem.js + /analyze + подсказки валентности

- biochem-core.js dual-export (browser window.BIO + Node module.exports), без дублей
- BIO.valency: подробные подсказки валентности (2.4), общие для редактора и сервера
- services/chem.js: серверный анализ поверх того же ядра (analyze/validate)
- POST /api/biochem/analyze (2.2); /validate переведён на ядро (+фикс формата связей)
- api.js: LS.biochemAnalyze

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

backend/src/controllers/biochemController.js

@@ -1,6 +1,7 @@
 'use strict';
 const db = require('../db/db');
 const { awardXP, checkAchievements } = require('./gamificationController');
+const chem = require('../services/chem');
 
 /* ── Helpers ─────────────────────────────────────────────────────────── */
 const MAX_V = { H:1, C:4, N:3, O:2, P:5, S:6, Cl:1, Na:1, Ca:2, K:1, Mg:2, Fe:3, Br:1, I:1, F:1 };
@@ -128,14 +129,26 @@ function validate(req, res) {
     return res.status(400).json({ error: 'atoms[] and bonds[] required' });
   if (atoms.length === 0) return res.json({ valid: false, formula: '', issues: [] });
 
-  const formula = hillFormula(atoms);
-  const issues  = valencyIssues(atoms, bonds);
-  const valid   = issues.length === 0;
-
+  // Единое химическое ядро (Фаза 2.1): формула + валентность с подсказками (2.4)
+  const { valid, formula, issues } = chem.validate(atoms, bonds);
   const known = valid ? stmts.getMolByFormula.get(formula) : null;
   res.json({ valid, formula, issues, known: known || null });
 }
 
+/* ── POST /api/biochem/analyze — полный химический анализ структуры (2.2) ─ */
+function analyze(req, res) {
+  const { atoms, bonds } = req.body || {};
+  if (!Array.isArray(atoms))
+    return res.status(400).json({ error: 'atoms[] обязателен' });
+  if (atoms.length === 0)
+    return res.json({ formula: '', mass: 0, dbe: null, valency: [] });
+  try {
+    res.json(chem.analyze(atoms, Array.isArray(bonds) ? bonds : []));
+  } catch (e) {
+    res.status(500).json({ error: e.message });
+  }
+}
+
 /* ── GET /api/biochem/reactions ─────────────────────────────────────── */
 function getReactions(_req, res) {
   const rows = stmts.getReactions.all().map(r => ({
@@ -374,7 +387,7 @@ function tryParse(v, fallback) {
 }
 
 module.exports = {
-  getElements, getMolecules, getMolecule, validate,
+  getElements, getMolecules, getMolecule, validate, analyze,
   getReactions, getChallenges, solveChallenge,
   getSaved, saveMolecule, deleteSaved,
   getPathways, getPathwayProgress, savePathwayProgress,

backend/src/routes/biochem.js

@@ -8,6 +8,7 @@ router.get('/elements',               c.getElements);
 router.get('/molecules',              c.getMolecules);
 router.get('/molecules/:id',          c.getMolecule);
 router.post('/validate',              c.validate);
+router.post('/analyze',               c.analyze);
 router.get('/reactions',              c.getReactions);
 router.get('/challenges',             c.getChallenges);
 router.post('/challenges/:id/solve',  c.solveChallenge);

backend/src/services/chem.js

@@ -0,0 +1,46 @@
+'use strict';
+/*
+ * chem.js — серверный химический слой (Фаза 2.1/2.2).
+ *
+ * Переиспользует то же ядро, что и фронт (frontend/js/biochem-core.js,
+ * `window.BIO`), вместо дублирования химии: формулы/масса/DBE, частичные
+ * заряды, дипольный момент (по 3D-геометрии VSEPR), полярность, функциональные
+ * группы, гибридизация, проверка валентности.
+ *
+ * Ядро самодостаточно (без DOM/canvas в чистых функциях) и при require в Node
+ * экспортирует объект BIO через module.exports.
+ */
+const path = require('path');
+const BIO = require(path.join(__dirname, '..', '..', '..', 'frontend', 'js', 'biochem-core.js'));
+
+/* Полный анализ структуры → {formula, mass, dbe, geometry, polarity, dipole,
+ * charges, groups, massFractions, valency}. Бросает на некорректном вводе. */
+function analyze(atoms, bonds) {
+  const an = BIO.analyze(atoms, bonds || []);
+  if (!an) return null;
+  return {
+    formula:       an.formula,
+    mass:          an.mass,
+    dbe:           an.dbe,
+    atomCount:     an.atomCount,
+    geometry:      an.geometry,                 // {shape, hybridization, angle, centerSym}
+    polarity:      an.polarity ? an.polarity.label : null,   // «Полярная» / «Неполярная» / …
+    dipole:        an.dipole,
+    charges:       an.charges,
+    groups:        an.groups,
+    massFractions: an.massFractions,
+    valency:       BIO.valency(atoms, bonds || []),
+  };
+}
+
+/* Проверка корректности: формула + проблемы валентности (с подсказками). */
+function validate(atoms, bonds) {
+  const issues = BIO.valency(atoms, bonds || []);
+  return {
+    valid:   issues.length === 0,
+    formula: BIO.hillFormula(atoms || []),
+    issues,
+  };
+}
+
+module.exports = { analyze, validate, BIO };