feat(biochem): Фаза 4 (срез) — персистентность прогресса путей + награда

Learn-режим метаболических путей теперь сохраняет прохождение на пользователя
(раньше прогресс терялся).

- migration 044_bio_user_pathway: таблица bio_user_pathway(user_id, pathway,
  step, completed) с upsert.
- biochemController: getPathwayProgress / savePathwayProgress; XP (+80)
  начисляется один раз при первом завершении пути (completed «липкий» через
  MAX), затем checkAchievements. Роуты GET/POST /biochem/pathways/progress.
- js/api.js: biochemGetPathwayProgress / biochemSavePathwayProgress.
- biochem-pathways.html: загрузка прогресса в init (галочка-SVG на пройденных
  путях), сохранение + тост «+XP» при завершении пути.

Полный перенос данных путей в БД (4.1-4.3) отложен — хардкод путей работает,
ценность миграции архитектурная; здесь доставлена пользовательская часть.

Проверено: upsert, XP-once, completed-sticky на реальной БД.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

backend/src/controllers/biochemController.js

@@ -321,6 +321,44 @@ function deleteSaved(req, res) {
   res.json({ ok: true });
 }
 
+/* ── Прогресс прохождения путей (Learn-режим) ────────────────────────── */
+const PATHWAY_XP = 80;
+const stmtsPath = {
+  getProg: db.prepare('SELECT pathway, step, completed FROM bio_user_pathway WHERE user_id=?'),
+  wasDone: db.prepare('SELECT completed FROM bio_user_pathway WHERE user_id=? AND pathway=?'),
+  upsert:  db.prepare(`INSERT INTO bio_user_pathway (user_id, pathway, step, completed, updated_at)
+    VALUES (?, ?, ?, ?, datetime('now'))
+    ON CONFLICT(user_id, pathway) DO UPDATE SET
+      step       = excluded.step,
+      completed  = MAX(completed, excluded.completed),
+      updated_at = datetime('now')`),
+};
+
+/* ── GET /api/biochem/pathways/progress ──────────────────────────────── */
+function getPathwayProgress(req, res) {
+  const out = {};
+  for (const r of stmtsPath.getProg.all(req.user.id))
+    out[r.pathway] = { step: r.step, completed: !!r.completed };
+  res.json(out);
+}
+
+/* ── POST /api/biochem/pathways/progress ─────────────────────────────── */
+function savePathwayProgress(req, res) {
+  const { pathway, step, completed } = req.body;
+  if (typeof pathway !== 'string' || !pathway)
+    return res.status(400).json({ error: 'pathway required' });
+  const prev = stmtsPath.wasDone.get(req.user.id, pathway);
+  const firstCompletion = !!completed && !(prev && prev.completed);
+  stmtsPath.upsert.run(req.user.id, pathway, Math.max(0, parseInt(step) || 0), completed ? 1 : 0);
+  let xp = 0;
+  if (firstCompletion) {
+    xp = PATHWAY_XP;
+    awardXP(req.user.id, xp, `biochem_pathway:${pathway}`);
+    checkAchievements(req.user.id);
+  }
+  res.json({ ok: true, xp });
+}
+
 /* ── util ────────────────────────────────────────────────────────────── */
 function tryParse(v, fallback) {
   if (!v) return fallback;
@@ -331,6 +369,7 @@ module.exports = {
   getElements, getMolecules, getMolecule, validate,
   getReactions, getChallenges, solveChallenge,
   getSaved, saveMolecule, deleteSaved,
+  getPathwayProgress, savePathwayProgress,
   // экспортируется для тестов структурной проверки
   structuralMatch, canonicalHash,
 };

backend/src/db/migrations/044_bio_user_pathway.sql

@@ -0,0 +1,16 @@
+-- 044_bio_user_pathway.sql
+-- Прогресс прохождения метаболических путей (Learn-режим biochem-pathways).
+-- Раньше прогресс не сохранялся; теперь шаг и факт завершения хранятся на
+-- пользователя по ключу пути (glycolysis / krebs / oxidation / synthesis ...).
+-- Награда (XP) начисляется один раз при первом завершении пути.
+
+CREATE TABLE IF NOT EXISTS bio_user_pathway (
+  user_id    INTEGER NOT NULL REFERENCES users(id) ON DELETE CASCADE,
+  pathway    TEXT    NOT NULL,
+  step       INTEGER NOT NULL DEFAULT 0,
+  completed  INTEGER NOT NULL DEFAULT 0,
+  updated_at TEXT    NOT NULL DEFAULT (datetime('now')),
+  PRIMARY KEY (user_id, pathway)
+);
+
+CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_bio_user_pathway ON bio_user_pathway(user_id);

backend/src/routes/biochem.js

@@ -14,5 +14,7 @@ router.post('/challenges/:id/solve',  c.solveChallenge);
 router.get('/saved',                  c.getSaved);
 router.post('/saved',                 c.saveMolecule);
 router.delete('/saved/:id',           c.deleteSaved);
+router.get('/pathways/progress',      c.getPathwayProgress);
+router.post('/pathways/progress',     c.savePathwayProgress);
 
 module.exports = router;