2 Commits

Author	SHA1	Message	Date
Maxim Dolgolyov	177a5b94d7	feat(biochem): Фазы 2-7 — химдвижок, баланс, энергодиаграммы, графики, SMILES ... Перенос изолированной работы по модулю «Биохимия» на master (разработка велась параллельно с другой сессией; здесь только biochem-файлы). Ядро biochem-core.js: - Фаза 2 (химдвижок): partialCharges (по ЭО), dipole (вектор q·r по 3D VSEPR), polarity, massFractions, functionalGroups, analyze; chargeColor + δ± в рендерах. - Фаза 3: balance() — балансировка уравнений (матрица элементов + дробный Гаусс). - Фаза 7: parseSmiles (учебное подмножество) + toJSON/download. - Фикс 3D-рендера: глубинная сортировка + объёмные связи-цилиндры. Страницы: - biochem.html: δ±-тепловая карта зарядов + стрелка диполя; импорт SMILES; экспорт PNG/JSON; замена крудных эвристик на BIO.analyze (−95 строк). - biochem-reactions.html: энергопрофиль реакции + проверка баланса. - biochem-properties.html: график молярных масс + экспорт CSV. Тесты: backend/tests/biochem-core.test.js (8/8 pass: формулы, VSEPR, заряды, полярность, баланс, SMILES, analyze). Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>	2026-05-30 13:53:40 +03:00
Maxim Dolgolyov	5dc9164ee3	feat(biochem): ядро biochem-core.js + настоящая 3D-геометрия (VSEPR) ... Фаза 0 (фундамент) + Фаза 1 (3D) плана BIOCHEM_UPGRADE: - Новый общий модуль frontend/js/biochem-core.js (window.BIO): реестр элементов (CPK, масса, валентность, электроотрицательность, ковалентный/ ван-дер-ваальсов радиусы), hillFormula/molarMass/parseFormula/dbe, нормализация связей (bF/bT/bO — чинит расхождение полей f/from, o/order), render2D, vsepr (генератор 3D по ОЭПВО), render3D (ball-and-stick с глубиной и затенением), safe (обёртка API с тостом), RING_TEMPLATES. - biochem.html: подключён core; фейковый 3D (плоская проекция a.z||0) заменён на честную VSEPR-геометрию через BIO.render3D; в панель свойств добавлены форма молекулы, гибридизация и валентный угол; фикс бага порядка связи в getBondSum. VSEPR проверен: вода — угловая, метан — тетраэдр 109.5°, CO2 — линейная 180°, NH3 — пирамидальная; sp/sp2/sp3 верно. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>	2026-05-30 12:42:44 +03:00