Maxim Dolgolyov
af25a845c9
BIO.parseSmiles — парсер учебного подмножества SMILES (органические атомы верхнего регистра, связи -=#, ветви (), замыкание циклов цифрами/%nn, неявные H по валентности, 2D-укладка BFS). BIO.toJSON/download. biochem.html: поле ввода SMILES + кнопка Импорт (Enter), кнопки экспорта PNG (текущий холст 2D/3D) и JSON. Проверено: CCO→C2H6O, CC(=O)O→C2H4O2, C1=CC=CC=C1→C6H6 (Кекуле), ClC(Cl)(Cl)Cl→CCl4, OCC(O)CO→C3H8O3 (глицерин); мусор отсекается. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>
926 lines
46 KiB
JavaScript
926 lines
46 KiB
JavaScript
/*
|
||
* biochem-core.js — общее ядро модуля «Биохимия» (window.BIO)
|
||
*
|
||
* Единый источник правды для всех 5 страниц биохимии:
|
||
* - ELEMENTS: реестр элементов (цвет CPK, масса, валентность, электроотрицательность,
|
||
* ковалентный и ван-дер-ваальсов радиусы, число валентных электронов)
|
||
* - формулы/масса: hillFormula, molarMass, parseFormula
|
||
* - нормализация связей: bF/bT/bO (чинит расхождение полей f/from, t/to, o/order)
|
||
* - 2D-рендер: render2D (ball-and-stick для превью)
|
||
* - 3D-геометрия: vsepr (генератор настоящих 3D-координат по теории ОЭПВО/VSEPR)
|
||
* - 3D-рендер: render3D (ball-and-stick с глубиной и затенением)
|
||
* - safe: обёртка для API-вызовов с тостом ошибки
|
||
* - RING_TEMPLATES: шаблоны колец
|
||
*
|
||
* Зависимостей нет; LS.toast используется опционально (если доступен).
|
||
*/
|
||
(function (global) {
|
||
'use strict';
|
||
|
||
/* ── Реестр элементов ─────────────────────────────────────────────────
|
||
* color — CPK-цвет заливки
|
||
* text — цвет символа поверх заливки
|
||
* radius — радиус кружка в 2D-редакторе (усл. ед.)
|
||
* mass — атомная масса (г/моль)
|
||
* maxV — типичная максимальная валентность (для проверки и оценки геометрии)
|
||
* en — электроотрицательность по Полингу (для полярности связей)
|
||
* ve — число валентных электронов (для оценки неподелённых пар → VSEPR)
|
||
* cov — ковалентный радиус, пм (длины связей в 3D)
|
||
* vdw — ван-дер-ваальсов радиус, пм (space-fill режим)
|
||
* metal — ионный/металлический центр (нет ковалентной геометрии)
|
||
*/
|
||
const ELEMENTS = {
|
||
H: { name:'Водород', color:'#D4D4D4', text:'#222', radius:18, mass:1.008, maxV:1, en:2.20, ve:1, cov:31, vdw:120 },
|
||
C: { name:'Углерод', color:'#555555', text:'#fff', radius:20, mass:12.011, maxV:4, en:2.55, ve:4, cov:76, vdw:170 },
|
||
N: { name:'Азот', color:'#4060FF', text:'#fff', radius:20, mass:14.007, maxV:3, en:3.04, ve:5, cov:71, vdw:155 },
|
||
O: { name:'Кислород', color:'#EE2020', text:'#fff', radius:20, mass:15.999, maxV:2, en:3.44, ve:6, cov:66, vdw:152 },
|
||
P: { name:'Фосфор', color:'#FF8000', text:'#fff', radius:22, mass:30.974, maxV:5, en:2.19, ve:5, cov:107, vdw:180 },
|
||
S: { name:'Сера', color:'#C8B400', text:'#000', radius:22, mass:32.06, maxV:6, en:2.58, ve:6, cov:105, vdw:180 },
|
||
F: { name:'Фтор', color:'#33CC33', text:'#fff', radius:18, mass:18.998, maxV:1, en:3.98, ve:7, cov:57, vdw:147 },
|
||
Cl: { name:'Хлор', color:'#00A860', text:'#fff', radius:22, mass:35.45, maxV:1, en:3.16, ve:7, cov:102, vdw:175 },
|
||
Br: { name:'Бром', color:'#A52A2A', text:'#fff', radius:24, mass:79.904, maxV:1, en:2.96, ve:7, cov:120, vdw:185 },
|
||
I: { name:'Иод', color:'#940094', text:'#fff', radius:26, mass:126.90, maxV:1, en:2.66, ve:7, cov:139, vdw:198 },
|
||
Na: { name:'Натрий', color:'#8040C0', text:'#fff', radius:22, mass:22.990, maxV:1, en:0.93, ve:1, cov:166, vdw:227, metal:true },
|
||
K: { name:'Калий', color:'#8F40D4', text:'#fff', radius:24, mass:39.098, maxV:1, en:0.82, ve:1, cov:203, vdw:275, metal:true },
|
||
Ca: { name:'Кальций', color:'#707070', text:'#fff', radius:22, mass:40.078, maxV:2, en:1.00, ve:2, cov:176, vdw:231, metal:true },
|
||
Mg: { name:'Магний', color:'#1E8A1E', text:'#fff', radius:22, mass:24.305, maxV:2, en:1.31, ve:2, cov:141, vdw:173, metal:true },
|
||
Fe: { name:'Железо', color:'#B03010', text:'#fff', radius:22, mass:55.845, maxV:3, en:1.83, ve:8, cov:132, vdw:194, metal:true },
|
||
};
|
||
|
||
function el(sym) { return ELEMENTS[sym] || { name:sym, color:'#888', text:'#fff', radius:20, mass:0, maxV:4, en:2.5, ve:4, cov:75, vdw:170 }; }
|
||
|
||
/* ── Нормализация связей ──────────────────────────────────────────────
|
||
* В БД связи хранятся как {f,t,o}; в редакторе — как {from,to,order}.
|
||
* Эти хелперы устраняют расхождение (бывший баг `b.o || b.order`).
|
||
*/
|
||
function bF(b) { return b.from != null ? b.from : b.f; }
|
||
function bT(b) { return b.to != null ? b.to : b.t; }
|
||
function bO(b) { return (b.order != null ? b.order : b.o) || 1; }
|
||
|
||
/* ── Формулы и масса ──────────────────────────────────────────────────── */
|
||
function counts(atoms) {
|
||
const c = {};
|
||
for (const a of atoms) c[a.s] = (c[a.s] || 0) + 1;
|
||
return c;
|
||
}
|
||
function hillFormula(atoms) {
|
||
if (!atoms || !atoms.length) return '';
|
||
const cnt = counts(atoms);
|
||
const parts = [];
|
||
if (cnt.C) { parts.push('C' + (cnt.C > 1 ? cnt.C : '')); delete cnt.C; }
|
||
if (cnt.H) { parts.push('H' + (cnt.H > 1 ? cnt.H : '')); delete cnt.H; }
|
||
for (const e of Object.keys(cnt).sort()) parts.push(e + (cnt[e] > 1 ? cnt[e] : ''));
|
||
return parts.join('');
|
||
}
|
||
function molarMass(atoms) {
|
||
let m = 0;
|
||
for (const a of atoms) m += el(a.s).mass;
|
||
return m;
|
||
}
|
||
// Разбор строковой формулы (с поддержкой скобок и цифр): "Ca(OH)2" → {Ca:1,O:2,H:2}
|
||
function parseFormula(str) {
|
||
const out = {};
|
||
const re = /([A-Z][a-z]?)(\d*)|(\()|(\))(\d*)/g;
|
||
const stack = [out];
|
||
let m;
|
||
while ((m = re.exec(str)) !== null) {
|
||
if (m[1]) {
|
||
const n = m[2] ? parseInt(m[2], 10) : 1;
|
||
const top = stack[stack.length - 1];
|
||
top[m[1]] = (top[m[1]] || 0) + n;
|
||
} else if (m[3]) {
|
||
stack.push({});
|
||
} else if (m[4] !== undefined) {
|
||
const grp = stack.pop();
|
||
const mult = m[5] ? parseInt(m[5], 10) : 1;
|
||
const top = stack[stack.length - 1];
|
||
for (const k in grp) top[k] = (top[k] || 0) + grp[k] * mult;
|
||
}
|
||
}
|
||
return out;
|
||
}
|
||
|
||
/* ── Степень ненасыщенности (DBE) ─────────────────────────────────────── */
|
||
function dbe(atoms) {
|
||
const c = counts(atoms);
|
||
const C = c.C || 0, H = c.H || 0, N = c.N || 0, P = c.P || 0;
|
||
const X = (c.Cl || 0) + (c.F || 0) + (c.Br || 0) + (c.I || 0);
|
||
if (!C && !H) return null;
|
||
return (2 * C + 2 + N + P - H - X) / 2;
|
||
}
|
||
|
||
/* ── Химический движок: заряды, диполь, полярность, группы ─────────────────
|
||
* Частичные заряды — по разнице электроотрицательностей на связях
|
||
* (модель Гusing EN): электроны смещаются к более электроотрицательному
|
||
* атому, менее ЭО атом получает δ+, более ЭО — δ−.
|
||
*/
|
||
const _CHARGE_K = 0.21;
|
||
function partialCharges(atoms, bonds) {
|
||
const byId = {}; atoms.forEach(a => byId[a.id] = a);
|
||
const q = {}; atoms.forEach(a => q[a.id] = 0);
|
||
for (const b of bonds || []) {
|
||
const f = bF(b), t = bT(b), o = bO(b);
|
||
const af = byId[f], at = byId[t];
|
||
if (!af || !at) continue;
|
||
const d = (el(at.s).en - el(af.s).en) * o * _CHARGE_K; // поток к более ЭО
|
||
q[f] += d; // менее ЭО → δ+
|
||
q[t] -= d; // более ЭО → δ−
|
||
}
|
||
return q;
|
||
}
|
||
|
||
/* Дипольный момент — векторная сумма q·r по 3D-координатам (из VSEPR).
|
||
* Симметричные молекулы (CO₂, CH₄, CCl₄) дают ~0 → неполярны; это и есть
|
||
* окупаемость настоящей 3D-геометрии. Возврат в условных «дебаях» (D-прокси).
|
||
*/
|
||
function dipole(atoms, bonds, geom) {
|
||
const g = geom || vsepr(atoms, bonds);
|
||
const q = partialCharges(atoms, bonds);
|
||
let vx = 0, vy = 0, vz = 0;
|
||
for (const a of g.atoms3d) { const c = q[a.id] || 0; vx += c * a.x; vy += c * a.y; vz += c * a.z; }
|
||
const BOND = 94; // ~длина C–C в усл. ед. (нормировка к «дебаям»)
|
||
const magnitude = Math.hypot(vx, vy, vz) / BOND * 4.0;
|
||
return { vector: [vx, vy, vz], magnitude, charges: q };
|
||
}
|
||
|
||
/* Классификация полярности на основе диполя и состава. */
|
||
function polarity(atoms, bonds, geom) {
|
||
const c = counts(atoms);
|
||
if (c.Na || c.K || c.Ca || c.Mg || c.Fe) return { label: 'Ионная', cls: 'bad', dipole: null };
|
||
if (atoms.length < 2) return { label: '—', cls: '', dipole: 0 };
|
||
const dp = dipole(atoms, bonds, geom);
|
||
const m = dp.magnitude;
|
||
let label, cls;
|
||
if (m < 0.18) { label = 'Неполярная'; cls = 'good'; }
|
||
else if (m < 0.55) { label = 'Слабо полярная'; cls = 'warn'; }
|
||
else if (m < 1.5) { label = 'Полярная'; cls = 'warn'; }
|
||
else { label = 'Сильно полярная'; cls = 'bad'; }
|
||
return { label, cls, dipole: m, vector: dp.vector, charges: dp.charges };
|
||
}
|
||
|
||
/* Массовые доли элементов (%). */
|
||
function massFractions(atoms) {
|
||
const c = counts(atoms);
|
||
const total = molarMass(atoms) || 1;
|
||
const out = {};
|
||
for (const s of Object.keys(c)) out[s] = (el(s).mass * c[s] / total) * 100;
|
||
return out;
|
||
}
|
||
|
||
/* Детекция функциональных групп (паттерн-матчинг по графу). */
|
||
function functionalGroups(atoms, bonds) {
|
||
const byId = {}; atoms.forEach(a => byId[a.id] = a);
|
||
const bondsOf = id => (bonds || []).filter(b => bF(b) === id || bT(b) === id);
|
||
const othr = (b, id) => bF(b) === id ? bT(b) : bF(b);
|
||
const sym = id => byId[id] && byId[id].s;
|
||
const groups = [];
|
||
const usedC = new Set();
|
||
|
||
for (const a of atoms) {
|
||
if (a.s !== 'C') continue;
|
||
const my = bondsOf(a.id);
|
||
const dblO = my.some(b => bO(b) === 2 && sym(othr(b, a.id)) === 'O');
|
||
const sglO = my.filter(b => bO(b) === 1 && sym(othr(b, a.id)) === 'O');
|
||
if (dblO && sglO.length) {
|
||
const oId = othr(sglO[0], a.id);
|
||
if (bondsOf(oId).some(b => sym(othr(b, oId)) === 'H')) { groups.push({ label: '−COOH', color: '#f87171' }); usedC.add(a.id); continue; }
|
||
groups.push({ label: '−COO− (эфир)', color: '#fb923c' }); usedC.add(a.id); continue;
|
||
}
|
||
if (dblO && !usedC.has(a.id)) {
|
||
const hN = my.some(b => sym(othr(b, a.id)) === 'H');
|
||
const cN = my.filter(b => sym(othr(b, a.id)) === 'C').length;
|
||
groups.push({ label: hN ? '−CHO' : (cN >= 2 ? 'C=O (кетон)' : 'C=O'), color: '#fb923c' });
|
||
usedC.add(a.id);
|
||
}
|
||
}
|
||
const ohN = atoms.filter(a => a.s === 'O' && bondsOf(a.id).some(b => bO(b) === 1 && sym(othr(b, a.id)) === 'H')).length;
|
||
if (ohN) groups.push({ label: ohN > 1 ? `−OH ×${ohN}` : '−OH', color: '#60a5fa' });
|
||
for (const a of atoms) {
|
||
if (a.s !== 'N') continue;
|
||
const hC = bondsOf(a.id).filter(b => sym(othr(b, a.id)) === 'H').length;
|
||
if (hC >= 2) groups.push({ label: '−NH₂', color: '#34d399' });
|
||
else if (hC === 1) groups.push({ label: '−NH', color: '#34d399' });
|
||
}
|
||
if (atoms.some(a => a.s === 'S' && bondsOf(a.id).some(b => sym(othr(b, a.id)) === 'H'))) groups.push({ label: '−SH', color: '#fbbf24' });
|
||
const enes = (bonds || []).filter(b => bO(b) === 2 && sym(bF(b)) === 'C' && sym(bT(b)) === 'C');
|
||
if (enes.length) groups.push({ label: enes.length > 1 ? `C=C ×${enes.length}` : 'C=C', color: '#a78bfa' });
|
||
if ((bonds || []).some(b => bO(b) === 3 && sym(bF(b)) === 'C' && sym(bT(b)) === 'C')) groups.push({ label: 'C≡C', color: '#e879f9' });
|
||
const cIds = new Set(atoms.filter(a => a.s === 'C').map(a => a.id));
|
||
if ((bonds || []).filter(b => bO(b) === 2 && cIds.has(bF(b)) && cIds.has(bT(b))).length >= 3) groups.push({ label: 'Арен', color: '#06D6E0' });
|
||
const halos = ['F', 'Cl', 'Br', 'I'];
|
||
for (const h of halos) { const n = atoms.filter(a => a.s === h).length; if (n) groups.push({ label: n > 1 ? `−${h} ×${n}` : `−${h}`, color: '#4ade80' }); }
|
||
for (const a of atoms) { if (a.s === 'P' && bondsOf(a.id).filter(b => sym(othr(b, a.id)) === 'O').length >= 2) { groups.push({ label: 'Фосфат', color: '#f97316' }); break; } }
|
||
return groups;
|
||
}
|
||
|
||
/* Полный анализ молекулы — единая точка для всех страниц. */
|
||
function analyze(atoms, bonds) {
|
||
if (!atoms || !atoms.length) return null;
|
||
const geom = vsepr(atoms, bonds);
|
||
const pol = polarity(atoms, bonds, geom);
|
||
return {
|
||
formula: hillFormula(atoms),
|
||
mass: molarMass(atoms),
|
||
dbe: dbe(atoms),
|
||
atomCount: atoms.length,
|
||
geometry: { shape: geom.shape, hybridization: geom.hybridization, angle: geom.angle, centerSym: geom.centerSym },
|
||
polarity: pol,
|
||
charges: pol.charges || partialCharges(atoms, bonds),
|
||
dipole: pol.dipole,
|
||
groups: functionalGroups(atoms, bonds),
|
||
massFractions: massFractions(atoms),
|
||
atoms3d: geom.atoms3d,
|
||
perAtom: geom.perAtom,
|
||
};
|
||
}
|
||
|
||
/* ── Балансировка уравнений реакций ───────────────────────────────────────
|
||
* Вход: reactants[], products[] — массивы строковых формул ("H2","O2",...).
|
||
* Метод: матрица «элемент × вещество» (реагенты +, продукты −), поиск
|
||
* целочисленного вектора в ядре через дробный метод Гаусса + НОК/НОД.
|
||
* Выход: { coefficients:[...], reactants:[...], products:[...] } или null.
|
||
*/
|
||
function _gcd(a, b) { a = Math.abs(a); b = Math.abs(b); while (b) { [a, b] = [b, a % b]; } return a || 1; }
|
||
function _lcm(a, b) { return Math.abs(a * b) / _gcd(a, b); }
|
||
// дроби как [num, den]
|
||
function _fr(n, d) { d = d || 1; if (d < 0) { n = -n; d = -d; } const g = _gcd(n, d) || 1; return [n / g, d / g]; }
|
||
function _frSub(a, b) { return _fr(a[0] * b[1] - b[0] * a[1], a[1] * b[1]); }
|
||
function _frMul(a, b) { return _fr(a[0] * b[0], a[1] * b[1]); }
|
||
function _frDiv(a, b) { return _fr(a[0] * b[1], a[1] * b[0]); }
|
||
|
||
function balance(reactants, products) {
|
||
const species = [...reactants, ...products];
|
||
if (species.length < 2) return null;
|
||
const nR = reactants.length;
|
||
const elemSet = new Set();
|
||
const comps = species.map(f => { const c = parseFormula(f); Object.keys(c).forEach(e => elemSet.add(e)); return c; });
|
||
const elements = [...elemSet];
|
||
const n = species.length;
|
||
// матрица элементов (дроби)
|
||
let M = elements.map(el => comps.map((c, i) => _fr((c[el] || 0) * (i < nR ? 1 : -1), 1)));
|
||
// RREF
|
||
const rows = M.length, cols = n;
|
||
let pivotCols = [];
|
||
let r = 0;
|
||
for (let c = 0; c < cols && r < rows; c++) {
|
||
let piv = -1;
|
||
for (let i = r; i < rows; i++) if (M[i][c][0] !== 0) { piv = i; break; }
|
||
if (piv < 0) continue;
|
||
[M[r], M[piv]] = [M[piv], M[r]];
|
||
const pv = M[r][c];
|
||
for (let j = 0; j < cols; j++) M[r][j] = _frDiv(M[r][j], pv);
|
||
for (let i = 0; i < rows; i++) {
|
||
if (i === r || M[i][c][0] === 0) continue;
|
||
const factor = M[i][c];
|
||
for (let j = 0; j < cols; j++) M[i][j] = _frSub(M[i][j], _frMul(factor, M[r][j]));
|
||
}
|
||
pivotCols.push(c);
|
||
r++;
|
||
}
|
||
// свободные столбцы (нет пивота) → ставим параметр 1
|
||
const pivotSet = new Set(pivotCols);
|
||
const free = [];
|
||
for (let c = 0; c < cols; c++) if (!pivotSet.has(c)) free.push(c);
|
||
if (free.length !== 1) return null; // нет однозначного баланса (или недоопределено)
|
||
const freeCol = free[0];
|
||
// x[freeCol] = 1; x[pivot] = -M[row][freeCol]
|
||
const x = new Array(cols).fill(null);
|
||
x[freeCol] = _fr(1, 1);
|
||
for (let i = 0; i < pivotCols.length; i++) {
|
||
const pc = pivotCols[i];
|
||
x[pc] = _fr(-M[i][freeCol][0], M[i][freeCol][1]);
|
||
}
|
||
// к целым: умножить на НОК знаменателей
|
||
let denLcm = 1;
|
||
for (const v of x) denLcm = _lcm(denLcm, v[1]);
|
||
let ints = x.map(v => v[0] * (denLcm / v[1]));
|
||
// знак: сделать положительными
|
||
if (ints.some(v => v < 0) && ints.every(v => v <= 0)) ints = ints.map(v => -v);
|
||
if (ints.some(v => v < 0)) return null; // несбалансируемо в положительных
|
||
// сократить на общий НОД
|
||
let g = 0; for (const v of ints) g = _gcd(g, v);
|
||
if (g > 1) ints = ints.map(v => v / g);
|
||
if (ints.some(v => v <= 0)) return null;
|
||
return { coefficients: ints, reactants: ints.slice(0, nR), products: ints.slice(nR) };
|
||
}
|
||
|
||
/* ── Парсер SMILES (учебное подмножество) ─────────────────────────────────
|
||
* Поддержка: органические атомы в ВЕРХНЕМ регистре (B,C,N,O,P,S,F,Cl,Br,I,H),
|
||
* связи -, =, #, ветви ( ), замыкание циклов цифрами и %nn. Неявные H
|
||
* достраиваются по валентности. Возврат {atoms:[{id,s,x,y}], bonds:[{f,t,o}]}
|
||
* или null. Ароматика в нижнем регистре (c,n,o…) НЕ поддержана — используйте
|
||
* форму Кекуле (C1=CC=CC=C1). 2D-укладка — BFS с разводом углов.
|
||
*/
|
||
function parseSmiles(str) {
|
||
if (!str || typeof str !== 'string') return null;
|
||
str = str.trim().replace(/\s+/g, '');
|
||
if (!str) return null;
|
||
const atoms = [], bonds = [];
|
||
let id = 1;
|
||
const twoLetter = { C: ['Cl'], B: ['Br'] };
|
||
const known = new Set(['B','C','N','O','P','S','F','I','H','Cl','Br']);
|
||
const stack = []; // для ветвей: сохранённые «текущие» атомы
|
||
const ring = {}; // digit -> {atom, order}
|
||
let prev = null; // предыдущий атом для связи
|
||
let pendingOrder = 0; // 0 = по умолчанию (1)
|
||
let i = 0;
|
||
const addAtom = s => { const a = { id: id++, s, x: 0, y: 0 }; atoms.push(a); return a; };
|
||
const addBond = (f, t, o) => { if (f === t) return; bonds.push({ f, t, o: o || 1 }); };
|
||
|
||
while (i < str.length) {
|
||
const ch = str[i];
|
||
if (ch === '(') { stack.push(prev); i++; continue; }
|
||
if (ch === ')') { prev = stack.pop() ?? prev; i++; continue; }
|
||
if (ch === '-') { pendingOrder = 1; i++; continue; }
|
||
if (ch === '=') { pendingOrder = 2; i++; continue; }
|
||
if (ch === '#') { pendingOrder = 3; i++; continue; }
|
||
if (ch === '%') {
|
||
const d = str.slice(i + 1, i + 3);
|
||
i += 3;
|
||
_ringClose(d);
|
||
continue;
|
||
}
|
||
if (ch >= '0' && ch <= '9') { _ringClose(ch); i++; continue; }
|
||
// атом: пробуем двухбуквенный
|
||
let sym = null;
|
||
const pair = str.slice(i, i + 2);
|
||
if (twoLetter[ch] && twoLetter[ch].includes(pair)) { sym = pair; i += 2; }
|
||
else if (known.has(ch)) { sym = ch; i += 1; }
|
||
else return null; // неподдержанный символ (в т.ч. строчная ароматика, [..])
|
||
const a = addAtom(sym);
|
||
if (prev) addBond(prev.id, a.id, pendingOrder || 1);
|
||
pendingOrder = 0;
|
||
prev = a;
|
||
}
|
||
function _ringClose(d) {
|
||
if (ring[d]) { addBond(ring[d].atom.id, prev.id, ring[d].order || pendingOrder || 1); delete ring[d]; pendingOrder = 0; }
|
||
else { ring[d] = { atom: prev, order: pendingOrder || 0 }; pendingOrder = 0; }
|
||
}
|
||
if (!atoms.length) return null;
|
||
|
||
// неявные H по валентности
|
||
const sumOrder = {}; atoms.forEach(a => sumOrder[a.id] = 0);
|
||
for (const b of bonds) { sumOrder[b.f] += b.o; sumOrder[b.t] += b.o; }
|
||
const heavy = atoms.slice();
|
||
for (const a of heavy) {
|
||
if (a.s === 'H') continue;
|
||
const maxV = el(a.s).maxV || 4;
|
||
const need = maxV - (sumOrder[a.id] || 0);
|
||
for (let k = 0; k < need; k++) { const h = addAtom('H'); addBond(a.id, h.id, 1); }
|
||
}
|
||
_layout2D(atoms, bonds);
|
||
return { atoms, bonds };
|
||
}
|
||
|
||
// Простая 2D-укладка: BFS, развод связей по углам, длина ~55
|
||
function _layout2D(atoms, bonds) {
|
||
const byId = {}; atoms.forEach(a => byId[a.id] = a);
|
||
const adj = {}; atoms.forEach(a => adj[a.id] = []);
|
||
for (const b of bonds) { adj[b.f].push(b.t); adj[b.t].push(b.f); }
|
||
const placed = new Set();
|
||
const L = 55;
|
||
let root = atoms[0];
|
||
for (const a of atoms) if (adj[a.id].length > adj[root.id].length) root = a;
|
||
root.x = 0; root.y = 0; placed.add(root.id);
|
||
const q = [{ id: root.id, dir: 0 }];
|
||
while (q.length) {
|
||
const { id, dir } = q.shift();
|
||
const cur = byId[id];
|
||
const nb = adj[id].filter(n => !placed.has(n));
|
||
const n = nb.length;
|
||
// развод: вокруг направления «от родителя», сектор ~270°
|
||
const spread = Math.PI * 1.5;
|
||
nb.forEach((nid, k) => {
|
||
const ang = dir + (n === 1 ? 0.6 : (-spread / 2 + spread * (k / Math.max(1, n - 1)))) ;
|
||
const c = byId[nid];
|
||
c.x = cur.x + Math.cos(ang) * L;
|
||
c.y = cur.y + Math.sin(ang) * L;
|
||
placed.add(nid);
|
||
q.push({ id: nid, dir: ang });
|
||
});
|
||
}
|
||
}
|
||
|
||
/* ── Экспорт молекулы ───────────────────────────────────────────────────── */
|
||
function toJSON(atoms, bonds, name) {
|
||
return JSON.stringify({
|
||
name: name || hillFormula(atoms),
|
||
formula: hillFormula(atoms),
|
||
atoms: atoms.map(a => ({ id: a.id, s: a.s, x: Math.round(a.x), y: Math.round(a.y) })),
|
||
bonds: (bonds || []).map(b => ({ f: bF(b), t: bT(b), o: bO(b) })),
|
||
}, null, 2);
|
||
}
|
||
function download(filename, content, mime) {
|
||
const blob = new Blob([content], { type: mime || 'text/plain;charset=utf-8' });
|
||
const a = document.createElement('a');
|
||
a.href = URL.createObjectURL(blob);
|
||
a.download = filename;
|
||
a.click();
|
||
URL.revokeObjectURL(a.href);
|
||
}
|
||
|
||
/* ── 2D-рендер (ball-and-stick для превью) ────────────────────────────────
|
||
* atoms: [{s,x,y}] bonds: [{f,t,o}] | [{from,to,order}]
|
||
* opts: { fit:true|false, padding, bg, lineColor, showSymbols, hideH, scale }
|
||
* Если fit=true — масштабирует молекулу под размер canvas (для thumbnail).
|
||
*/
|
||
function render2D(ctx, atoms, bonds, opts) {
|
||
opts = opts || {};
|
||
const W = ctx.canvas.width, H = ctx.canvas.height;
|
||
if (opts.bg) { ctx.fillStyle = opts.bg; ctx.fillRect(0, 0, W, H); }
|
||
else ctx.clearRect(0, 0, W, H);
|
||
if (!atoms || !atoms.length) return;
|
||
|
||
let sc = opts.scale || 1, ox = W / 2, oy = H / 2;
|
||
let cx = 0, cy = 0;
|
||
for (const a of atoms) { cx += a.x; cy += a.y; }
|
||
cx /= atoms.length; cy /= atoms.length;
|
||
|
||
if (opts.fit !== false) {
|
||
let minX = Infinity, maxX = -Infinity, minY = Infinity, maxY = -Infinity;
|
||
for (const a of atoms) {
|
||
const r = el(a.s).radius;
|
||
minX = Math.min(minX, a.x - r); maxX = Math.max(maxX, a.x + r);
|
||
minY = Math.min(minY, a.y - r); maxY = Math.max(maxY, a.y + r);
|
||
}
|
||
const pad = opts.padding != null ? opts.padding : 14;
|
||
const bw = maxX - minX || 1, bh = maxY - minY || 1;
|
||
sc = Math.min((W - pad * 2) / bw, (H - pad * 2) / bh);
|
||
if (opts.maxScale) sc = Math.min(sc, opts.maxScale);
|
||
}
|
||
const P = (a) => ({ x: (a.x - cx) * sc + ox, y: (a.y - cy) * sc + oy });
|
||
const byId = {}; for (const a of atoms) byId[a.id] = a;
|
||
|
||
// Bonds
|
||
ctx.lineCap = 'round';
|
||
for (const b of bonds || []) {
|
||
const a1 = byId[bF(b)], a2 = byId[bT(b)];
|
||
if (!a1 || !a2) continue;
|
||
const p1 = P(a1), p2 = P(a2);
|
||
const dx = p2.x - p1.x, dy = p2.y - p1.y, len = Math.hypot(dx, dy) || 1;
|
||
const px = -dy / len, py = dx / len;
|
||
const o = bO(b);
|
||
ctx.strokeStyle = opts.lineColor || '#7a8290';
|
||
ctx.lineWidth = Math.max(1, 2.2 * sc);
|
||
const off = 3 * sc;
|
||
const seg = (k) => { ctx.beginPath(); ctx.moveTo(p1.x + px * k, p1.y + py * k); ctx.lineTo(p2.x + px * k, p2.y + py * k); ctx.stroke(); };
|
||
if (o === 1) seg(0);
|
||
else if (o === 2) { seg(-off); seg(off); }
|
||
else { seg(0); seg(-off * 1.4); seg(off * 1.4); }
|
||
}
|
||
// Atoms
|
||
const showSym = opts.showSymbols !== false;
|
||
for (const a of atoms) {
|
||
const e = el(a.s);
|
||
if (opts.hideH && a.s === 'H') continue;
|
||
const p = P(a);
|
||
const r = Math.max(3, e.radius * sc * (opts.atomScale || 1));
|
||
const fill = opts.charges ? chargeColor(opts.charges[a.id]) : e.color;
|
||
const grd = ctx.createRadialGradient(p.x - r * 0.3, p.y - r * 0.35, r * 0.1, p.x, p.y, r);
|
||
grd.addColorStop(0, _lighten(fill, 90));
|
||
grd.addColorStop(0.5, fill);
|
||
grd.addColorStop(1, _darken(fill, 0.55));
|
||
ctx.beginPath(); ctx.arc(p.x, p.y, r, 0, Math.PI * 2);
|
||
ctx.fillStyle = grd; ctx.fill();
|
||
if (showSym && r > 6 && (a.s !== 'H' || r > 9)) {
|
||
ctx.fillStyle = e.text || '#fff';
|
||
ctx.font = `bold ${Math.max(7, Math.round(r * 0.8))}px Manrope, sans-serif`;
|
||
ctx.textAlign = 'center'; ctx.textBaseline = 'middle';
|
||
ctx.fillText(a.s, p.x, p.y);
|
||
}
|
||
}
|
||
}
|
||
|
||
/* ── VSEPR: генерация настоящей 3D-геометрии ──────────────────────────────
|
||
* Вход: atoms [{id,s,x,y}], bonds [{f,t,o}|{from,to,order}]
|
||
* Выход: {
|
||
* atoms3d: [{id,s,x,y,z}] — 3D-координаты (усл. ед., ~как 2D-масштаб),
|
||
* perAtom: { id: {domains, shape, hybridization, lonePairs} },
|
||
* shape: строка-описание формы для малых молекул (напр. «угловая»),
|
||
* angle: характерный валентный угол центральной молекулы (°) | null
|
||
* }
|
||
*
|
||
* Алгоритм: для каждого атома считаем число электронных доменов
|
||
* (соседи + неподелённые пары) → идеальная геометрия → BFS-укладка в 3D,
|
||
* ориентируя набор идеальных направлений так, чтобы связь к «родителю»
|
||
* совпала с одним из направлений.
|
||
*/
|
||
const TET = (function () {
|
||
const k = 1 / Math.sqrt(3);
|
||
return [[k, k, k], [k, -k, -k], [-k, k, -k], [-k, -k, k]];
|
||
})();
|
||
const TRIG = [[1, 0, 0], [-0.5, 0.8660254, 0], [-0.5, -0.8660254, 0]];
|
||
const LIN = [[1, 0, 0], [-1, 0, 0]];
|
||
const OCT = [[1, 0, 0], [-1, 0, 0], [0, 1, 0], [0, -1, 0], [0, 0, 1], [0, 0, -1]];
|
||
const TRIGBIPY = [[0, 0, 1], [0, 0, -1], [1, 0, 0], [-0.5, 0.8660254, 0], [-0.5, -0.8660254, 0]];
|
||
|
||
function _idealDirs(domains) {
|
||
if (domains <= 1) return [[1, 0, 0]];
|
||
if (domains === 2) return LIN;
|
||
if (domains === 3) return TRIG;
|
||
if (domains === 4) return TET;
|
||
if (domains === 5) return TRIGBIPY;
|
||
return OCT;
|
||
}
|
||
function _shapeName(centerSym, neighbors, lonePairs) {
|
||
const d = neighbors + lonePairs;
|
||
if (neighbors === 1) return 'двухатомная';
|
||
if (d === 2) return 'линейная';
|
||
if (d === 3) return lonePairs === 0 ? 'тригональная' : 'угловая';
|
||
if (d === 4) {
|
||
if (lonePairs === 0) return 'тетраэдрическая';
|
||
if (lonePairs === 1) return 'пирамидальная';
|
||
return 'угловая';
|
||
}
|
||
if (d === 5) return 'тригонально-бипирамидальная';
|
||
return 'октаэдрическая';
|
||
}
|
||
function _hyb(domains) {
|
||
return domains <= 2 ? 'sp' : domains === 3 ? 'sp²' : domains === 4 ? 'sp³' : domains === 5 ? 'sp³d' : 'sp³d²';
|
||
}
|
||
function _idealAngle(domains, lonePairs) {
|
||
if (domains === 2) return 180;
|
||
if (domains === 3) return lonePairs ? 117 : 120;
|
||
if (domains === 4) return lonePairs === 0 ? 109.5 : lonePairs === 1 ? 107 : 104.5;
|
||
if (domains === 5) return 90;
|
||
return 90;
|
||
}
|
||
|
||
// Вращение, переводящее единичный вектор a в единичный вектор b (Родригес)
|
||
function _rotBetween(a, b) {
|
||
const v = _cross(a, b);
|
||
const c = _dot(a, b);
|
||
const s = _len(v);
|
||
if (s < 1e-9) {
|
||
if (c > 0) return [[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1]]; // совпадают
|
||
// противоположны — поворот на 180° вокруг любой перпендикулярной оси
|
||
const ax = Math.abs(a[0]) < 0.9 ? [1,0,0] : [0,1,0];
|
||
const k = _norm(_cross(a, ax));
|
||
return _rotAxis(k, Math.PI);
|
||
}
|
||
const k = [v[0]/s, v[1]/s, v[2]/s];
|
||
return _rotAxis(k, Math.atan2(s, c));
|
||
}
|
||
function _rotAxis(k, ang) {
|
||
const c = Math.cos(ang), s = Math.sin(ang), t = 1 - c;
|
||
const [x, y, z] = k;
|
||
return [
|
||
[t*x*x + c, t*x*y - s*z, t*x*z + s*y],
|
||
[t*x*y + s*z, t*y*y + c, t*y*z - s*x],
|
||
[t*x*z - s*y, t*y*z + s*x, t*z*z + c],
|
||
];
|
||
}
|
||
function _apply(M, v) {
|
||
return [
|
||
M[0][0]*v[0] + M[0][1]*v[1] + M[0][2]*v[2],
|
||
M[1][0]*v[0] + M[1][1]*v[1] + M[1][2]*v[2],
|
||
M[2][0]*v[0] + M[2][1]*v[1] + M[2][2]*v[2],
|
||
];
|
||
}
|
||
function _cross(a, b) { return [a[1]*b[2]-a[2]*b[1], a[2]*b[0]-a[0]*b[2], a[0]*b[1]-a[1]*b[0]]; }
|
||
function _dot(a, b) { return a[0]*b[0]+a[1]*b[1]+a[2]*b[2]; }
|
||
function _len(v) { return Math.hypot(v[0], v[1], v[2]); }
|
||
function _norm(v) { const l = _len(v) || 1; return [v[0]/l, v[1]/l, v[2]/l]; }
|
||
|
||
function vsepr(atoms, bonds) {
|
||
const idList = atoms.map(a => a.id);
|
||
const byId = {}; atoms.forEach(a => byId[a.id] = a);
|
||
// adjacency: id -> [{id, order}]
|
||
const adj = {}; idList.forEach(i => adj[i] = []);
|
||
let bondSum = {}; idList.forEach(i => bondSum[i] = 0);
|
||
for (const b of bonds || []) {
|
||
const f = bF(b), t = bT(b), o = bO(b);
|
||
if (adj[f] && adj[t]) {
|
||
adj[f].push({ id: t, order: o });
|
||
adj[t].push({ id: f, order: o });
|
||
bondSum[f] += o; bondSum[t] += o;
|
||
}
|
||
}
|
||
// per-atom geometry descriptor
|
||
const perAtom = {};
|
||
for (const a of atoms) {
|
||
const e = el(a.s);
|
||
const deg = adj[a.id].length;
|
||
let lp = 0;
|
||
if (!e.metal && a.s !== 'H') {
|
||
lp = Math.max(0, Math.round((e.ve - bondSum[a.id]) / 2));
|
||
// у H, галогенов-терминалов и т.п. домены = соседи (терминальные)
|
||
}
|
||
const domains = Math.max(deg, deg + lp, 1);
|
||
perAtom[a.id] = {
|
||
domains,
|
||
lonePairs: lp,
|
||
neighbors: deg,
|
||
shape: _shapeName(a.s, deg, lp),
|
||
hybridization: _hyb(domains),
|
||
angle: _idealAngle(domains, lp),
|
||
};
|
||
}
|
||
|
||
// bond length in canvas units between two atoms
|
||
const blen = (s1, s2) => (el(s1).cov + el(s2).cov) * 0.62; // C-C ≈ 94
|
||
|
||
// BFS embedding
|
||
const pos = {}; // id -> [x,y,z]
|
||
const placedDirs = {}; // id -> array of used unit directions (from this atom)
|
||
const visited = new Set();
|
||
// root = atom with max degree (центральный)
|
||
let root = idList[0];
|
||
for (const i of idList) if (adj[i].length > adj[root].length) root = i;
|
||
|
||
const queue = [];
|
||
pos[root] = [0, 0, 0];
|
||
placedDirs[root] = [];
|
||
visited.add(root);
|
||
queue.push(root);
|
||
|
||
while (queue.length) {
|
||
const cur = queue.shift();
|
||
const e = byId[cur].s;
|
||
const info = perAtom[cur];
|
||
const ideal = _idealDirs(info.domains).map(_norm);
|
||
|
||
// Сколько направлений уже занято связью к родителю
|
||
const usedDirs = placedDirs[cur].slice();
|
||
// Ориентируем идеальный набор так, чтобы ideal[0] совпал с первым занятым
|
||
let dirs = ideal;
|
||
if (usedDirs.length) {
|
||
const R = _rotBetween(ideal[0], usedDirs[0]);
|
||
dirs = ideal.map(d => _norm(_apply(R, d)));
|
||
}
|
||
// помечаем направления, ближайшие к уже занятым, как использованные
|
||
const taken = new Array(dirs.length).fill(false);
|
||
for (const u of usedDirs) {
|
||
let best = -1, bestDot = -2;
|
||
for (let i = 0; i < dirs.length; i++) {
|
||
if (taken[i]) continue;
|
||
const dd = _dot(dirs[i], u);
|
||
if (dd > bestDot) { bestDot = dd; best = i; }
|
||
}
|
||
if (best >= 0) taken[best] = true;
|
||
}
|
||
// распределяем оставшиеся направления по непосещённым соседям
|
||
const freeIdx = [];
|
||
for (let i = 0; i < dirs.length; i++) if (!taken[i]) freeIdx.push(i);
|
||
let fi = 0;
|
||
for (const nb of adj[cur]) {
|
||
if (visited.has(nb.id)) continue;
|
||
const dir = dirs[freeIdx[fi++]] || _norm([Math.random()-0.5, Math.random()-0.5, Math.random()-0.5]);
|
||
const L = blen(e, byId[nb.id].s);
|
||
pos[nb.id] = [pos[cur][0] + dir[0]*L, pos[cur][1] + dir[1]*L, pos[cur][2] + dir[2]*L];
|
||
placedDirs[nb.id] = [[-dir[0], -dir[1], -dir[2]]]; // обратное направление к родителю
|
||
(placedDirs[cur] = placedDirs[cur] || []).push(dir);
|
||
visited.add(nb.id);
|
||
queue.push(nb.id);
|
||
}
|
||
}
|
||
// атомы вне основного компонента (несвязанные) — раскидываем по сетке
|
||
let stray = 0;
|
||
for (const a of atoms) {
|
||
if (!pos[a.id]) { pos[a.id] = [(stray % 4) * 90 - 135, Math.floor(stray / 4) * 90, 0]; stray++; }
|
||
}
|
||
|
||
// центрируем
|
||
let cx = 0, cy = 0, cz = 0, n = atoms.length || 1;
|
||
for (const a of atoms) { cx += pos[a.id][0]; cy += pos[a.id][1]; cz += pos[a.id][2]; }
|
||
cx /= n; cy /= n; cz /= n;
|
||
const atoms3d = atoms.map(a => ({
|
||
id: a.id, s: a.s,
|
||
x: pos[a.id][0] - cx, y: pos[a.id][1] - cy, z: pos[a.id][2] - cz,
|
||
}));
|
||
|
||
// характеристика молекулы в целом (по центральному тяжёлому атому)
|
||
let centerId = root;
|
||
for (const a of atoms) if (a.s !== 'H' && perAtom[a.id].neighbors > perAtom[centerId].neighbors) centerId = a.id;
|
||
const ci = perAtom[centerId];
|
||
return {
|
||
atoms3d, perAtom,
|
||
shape: ci ? ci.shape : null,
|
||
angle: ci && ci.neighbors >= 2 ? ci.angle : null,
|
||
hybridization: ci ? ci.hybridization : null,
|
||
centerSym: byId[centerId] ? byId[centerId].s : null,
|
||
};
|
||
}
|
||
|
||
/* ── 3D-рендер (ball-and-stick с глубиной) ────────────────────────────────
|
||
* atoms3d: [{id,s,x,y,z}] bonds: нормализуются
|
||
* cam: { rotX, rotY, scale, W, H }
|
||
* opts: { vdw:false, bg:'#07070f', showSymbols:true }
|
||
*/
|
||
// Затенённый «цилиндр» связи: толстый штрих с поперечным градиентом (центр светлее, края темнее)
|
||
function _stick(ctx, x1, y1, x2, y2, width, baseRgb, alpha) {
|
||
const dx = x2 - x1, dy = y2 - y1, len = Math.hypot(dx, dy) || 1;
|
||
const ox = -dy / len, oy = dx / len;
|
||
const mx = (x1 + x2) / 2, my = (y1 + y2) / 2;
|
||
const [r, g, b] = baseRgb;
|
||
const grd = ctx.createLinearGradient(mx - ox * width, my - oy * width, mx + ox * width, my + oy * width);
|
||
const dark = `rgba(${Math.round(r*0.35)},${Math.round(g*0.35)},${Math.round(b*0.35)},${alpha})`;
|
||
const lite = `rgba(${Math.min(255,r+70)},${Math.min(255,g+70)},${Math.min(255,b+70)},${alpha})`;
|
||
grd.addColorStop(0, dark);
|
||
grd.addColorStop(0.42, lite);
|
||
grd.addColorStop(0.5, `rgba(${Math.min(255,r+110)},${Math.min(255,g+110)},${Math.min(255,b+110)},${alpha})`);
|
||
grd.addColorStop(0.58, lite);
|
||
grd.addColorStop(1, dark);
|
||
ctx.strokeStyle = grd;
|
||
ctx.lineWidth = width * 2;
|
||
ctx.lineCap = 'round';
|
||
ctx.beginPath(); ctx.moveTo(x1, y1); ctx.lineTo(x2, y2); ctx.stroke();
|
||
}
|
||
|
||
function render3D(ctx, atoms3d, bonds, cam, opts) {
|
||
opts = opts || {};
|
||
const W = cam.W, H = cam.H;
|
||
const cxr = Math.cos(cam.rotX), sxr = Math.sin(cam.rotX);
|
||
const cyr = Math.cos(cam.rotY), syr = Math.sin(cam.rotY);
|
||
const fov = 700, sc = cam.scale || 1;
|
||
|
||
if (opts.bg !== null) { ctx.fillStyle = opts.bg || '#07070f'; ctx.fillRect(0, 0, W, H); }
|
||
if (!atoms3d || !atoms3d.length) return;
|
||
|
||
// проекция: sz — глубина (больше = дальше от камеры)
|
||
const pm = {};
|
||
for (const a of atoms3d) {
|
||
const x = a.x * sc, y = a.y * sc, z = a.z * sc;
|
||
const x1 = x * cyr + z * syr;
|
||
const z1 = -x * syr + z * cyr;
|
||
const y2 = y * cxr - z1 * sxr;
|
||
const z2 = y * sxr + z1 * cxr;
|
||
const persp = fov / (fov + z2);
|
||
pm[a.id] = { a, sx: x1 * persp + W / 2, sy: y2 * persp + H / 2, sz: z2, persp };
|
||
}
|
||
|
||
const vdw = !!opts.vdw;
|
||
// единый список примитивов (атомы + половинки связей) для корректной сортировки по глубине
|
||
const prims = [];
|
||
|
||
if (!vdw) {
|
||
for (const b of bonds || []) {
|
||
const p1 = pm[bF(b)], p2 = pm[bT(b)];
|
||
if (!p1 || !p2) continue;
|
||
const o = bO(b);
|
||
const dx = p2.sx - p1.sx, dy = p2.sy - p1.sy, len = Math.hypot(dx, dy) || 1;
|
||
const ox = -dy / len, oy = dx / len; // перпендикуляр для кратных связей
|
||
const c1 = _hexRgb(el(p1.a.s).color), c2 = _hexRgb(el(p2.a.s).color);
|
||
const mxs = (p1.sx + p2.sx) / 2, mys = (p1.sy + p2.sy) / 2;
|
||
// ширина связи зависит от перспективы (ближе — толще)
|
||
const wAvg = (p1.persp + p2.persp) / 2;
|
||
const baseW = Math.max(1.6, 3.4 * wAvg);
|
||
// смещения для двойных/тройных связей
|
||
const offs = o === 1 ? [0] : o === 2 ? [-1, 1] : [-1.5, 0, 1.5];
|
||
const ow = baseW * 1.7;
|
||
for (const k of offs) {
|
||
const sxo = ox * k * ow, syo = oy * k * ow;
|
||
const w = o === 1 ? baseW : baseW * 0.62;
|
||
// половина к атому 1
|
||
prims.push({ t: 'stick', z: (p1.sz * 3 + p2.sz) / 4,
|
||
x1: p1.sx + sxo, y1: p1.sy + syo, x2: mxs + sxo, y2: mys + syo, w, c: c1, persp: p1.persp });
|
||
// половина к атому 2
|
||
prims.push({ t: 'stick', z: (p2.sz * 3 + p1.sz) / 4,
|
||
x1: mxs + sxo, y1: mys + syo, x2: p2.sx + sxo, y2: p2.sy + syo, w, c: c2, persp: p2.persp });
|
||
}
|
||
}
|
||
}
|
||
|
||
for (const id in pm) {
|
||
const p = pm[id];
|
||
prims.push({ t: 'atom', z: p.sz, p });
|
||
}
|
||
|
||
prims.sort((a, b) => b.z - a.z); // дальние раньше (painter): больший z рисуется первым
|
||
|
||
for (const pr of prims) {
|
||
if (pr.t === 'stick') {
|
||
_stick(ctx, pr.x1, pr.y1, pr.x2, pr.y2, pr.w, pr.c, 0.55 + pr.persp * 0.4);
|
||
continue;
|
||
}
|
||
const { a, sx, sy, persp } = pr.p;
|
||
const e = el(a.s);
|
||
const baseR = vdw ? (e.vdw / 100) * 16 : (e.cov / 100) * 11 + 6;
|
||
const r = Math.max(3, baseR * persp * sc * (vdw ? 1.0 : 0.95));
|
||
const fillHex = opts.charges ? chargeColor(opts.charges[a.id]) : e.color;
|
||
const [r0, g0, b0] = _hexRgb(fillHex);
|
||
// глянцевый блик смещён к свету (верх-лево)
|
||
const grd = ctx.createRadialGradient(sx - r*0.35, sy - r*0.4, r*0.05, sx, sy, r * 1.05);
|
||
grd.addColorStop(0, `rgb(${Math.min(255,r0+135)},${Math.min(255,g0+135)},${Math.min(255,b0+135)})`);
|
||
grd.addColorStop(0.4, fillHex);
|
||
grd.addColorStop(1, `rgb(${Math.round(r0*0.18)},${Math.round(g0*0.18)},${Math.round(b0*0.18)})`);
|
||
// мягкая тень-ободок для объёма
|
||
ctx.beginPath(); ctx.arc(sx, sy, r, 0, Math.PI * 2);
|
||
ctx.fillStyle = grd; ctx.fill();
|
||
ctx.lineWidth = 0.8; ctx.strokeStyle = `rgba(0,0,0,0.35)`; ctx.stroke();
|
||
if (opts.showSymbols !== false && !vdw && (a.s !== 'H' || r > 12)) {
|
||
ctx.fillStyle = e.text || '#fff';
|
||
ctx.font = `bold ${Math.max(8, Math.round(r * 0.72))}px Manrope, sans-serif`;
|
||
ctx.textAlign = 'center'; ctx.textBaseline = 'middle';
|
||
ctx.fillText(a.s, sx, sy);
|
||
}
|
||
}
|
||
|
||
// стрелка дипольного момента (от центра к δ−), если передан вектор
|
||
if (opts.dipoleVec) {
|
||
const [dx, dy, dz] = opts.dipoleVec;
|
||
const dl = Math.hypot(dx, dy, dz);
|
||
if (dl > 1e-3) {
|
||
const proj = (x, y, z) => {
|
||
const x1 = x * cyr + z * syr, z1 = -x * syr + z * cyr;
|
||
const y2 = y * cxr - z1 * sxr, z2 = y * sxr + z1 * cxr;
|
||
const pp = fov / (fov + z2);
|
||
return [x1 * pp + W / 2, y2 * pp + H / 2];
|
||
};
|
||
const L = 70; // длина стрелки в экранных ед.
|
||
const ux = dx / dl, uy = dy / dl, uz = dz / dl;
|
||
const [ax, ay] = proj(0, 0, 0);
|
||
const [bx, by] = proj(ux * L / sc, uy * L / sc, uz * L / sc);
|
||
ctx.strokeStyle = '#facc15'; ctx.fillStyle = '#facc15'; ctx.lineWidth = 2.5; ctx.lineCap = 'round';
|
||
ctx.beginPath(); ctx.moveTo(ax, ay); ctx.lineTo(bx, by); ctx.stroke();
|
||
const ang = Math.atan2(by - ay, bx - ax), ah = 9;
|
||
ctx.beginPath(); ctx.moveTo(bx, by);
|
||
ctx.lineTo(bx - ah * Math.cos(ang - 0.4), by - ah * Math.sin(ang - 0.4));
|
||
ctx.lineTo(bx - ah * Math.cos(ang + 0.4), by - ah * Math.sin(ang + 0.4));
|
||
ctx.closePath(); ctx.fill();
|
||
}
|
||
}
|
||
}
|
||
|
||
/* ── Цветовые утилиты ─────────────────────────────────────────────────── */
|
||
function _hexRgb(hex) {
|
||
hex = String(hex).replace('#', '');
|
||
if (hex.length === 3) hex = hex.split('').map(c => c + c).join('');
|
||
const n = parseInt(hex, 16);
|
||
return [(n >> 16) & 255, (n >> 8) & 255, n & 255];
|
||
}
|
||
function _lighten(hex, amt) {
|
||
const [r, g, b] = _hexRgb(hex);
|
||
return `rgb(${Math.min(255, r + amt)},${Math.min(255, g + amt)},${Math.min(255, b + amt)})`;
|
||
}
|
||
function _darken(hex, f) {
|
||
const [r, g, b] = _hexRgb(hex);
|
||
return `rgb(${Math.round(r * f)},${Math.round(g * f)},${Math.round(b * f)})`;
|
||
}
|
||
// Цвет атома по частичному заряду: δ+ синий, δ− красный, 0 серый
|
||
function chargeColor(q) {
|
||
const grey = [138, 138, 138];
|
||
const t = Math.max(-1, Math.min(1, (q || 0) / 0.5));
|
||
const target = t > 0 ? [64, 96, 255] : [238, 32, 32]; // δ+ синий / δ− красный
|
||
const k = Math.abs(t);
|
||
const mix = grey.map((g, i) => Math.round(g + (target[i] - g) * k));
|
||
return `#${mix.map(v => v.toString(16).padStart(2, '0')).join('')}`;
|
||
}
|
||
|
||
/* ── safe: обёртка для API с тостом ошибки ───────────────────────────────
|
||
* await BIO.safe(LS.biochemGetMolecules(), 'Не удалось загрузить молекулы')
|
||
*/
|
||
async function safe(promiseOrFn, errMsg) {
|
||
try {
|
||
return await (typeof promiseOrFn === 'function' ? promiseOrFn() : promiseOrFn);
|
||
} catch (e) {
|
||
const msg = errMsg || ('Ошибка: ' + (e && e.message ? e.message : e));
|
||
if (global.LS && typeof global.LS.toast === 'function') global.LS.toast(msg, 'error');
|
||
else console.error(msg, e);
|
||
return null;
|
||
}
|
||
}
|
||
|
||
/* ── Шаблоны колец (2D-координаты) ───────────────────────────────────── */
|
||
const RING_TEMPLATES = {
|
||
benzene: {
|
||
atoms: [{s:'C',x:0,y:-55},{s:'C',x:47.6,y:-27.5},{s:'C',x:47.6,y:27.5},
|
||
{s:'C',x:0,y:55},{s:'C',x:-47.6,y:27.5},{s:'C',x:-47.6,y:-27.5}],
|
||
bonds: [[0,1,2],[1,2,1],[2,3,2],[3,4,1],[4,5,2],[5,0,1]],
|
||
},
|
||
cyclohexane: {
|
||
atoms: [{s:'C',x:0,y:-55},{s:'C',x:47.6,y:-27.5},{s:'C',x:47.6,y:27.5},
|
||
{s:'C',x:0,y:55},{s:'C',x:-47.6,y:27.5},{s:'C',x:-47.6,y:-27.5}],
|
||
bonds: [[0,1,1],[1,2,1],[2,3,1],[3,4,1],[4,5,1],[5,0,1]],
|
||
},
|
||
cyclopentane: {
|
||
atoms: [{s:'C',x:0,y:-50},{s:'C',x:47.6,y:-15.5},{s:'C',x:29.4,y:40.5},
|
||
{s:'C',x:-29.4,y:40.5},{s:'C',x:-47.6,y:-15.5}],
|
||
bonds: [[0,1,1],[1,2,1],[2,3,1],[3,4,1],[4,0,1]],
|
||
},
|
||
naphthalene: {
|
||
atoms: [
|
||
{s:'C',x:0,y:27.5},{s:'C',x:0,y:-27.5},
|
||
{s:'C',x:-47.6,y:-55},{s:'C',x:-95.2,y:-27.5},{s:'C',x:-95.2,y:27.5},{s:'C',x:-47.6,y:55},
|
||
{s:'C',x:47.6,y:-55},{s:'C',x:95.2,y:-27.5},{s:'C',x:95.2,y:27.5},{s:'C',x:47.6,y:55},
|
||
],
|
||
bonds: [
|
||
[0,1,1],[1,2,2],[2,3,1],[3,4,2],[4,5,1],[5,0,2],
|
||
[1,6,2],[6,7,1],[7,8,2],[8,9,1],[9,0,2],
|
||
],
|
||
},
|
||
};
|
||
|
||
/* ── Экспорт ──────────────────────────────────────────────────────────── */
|
||
global.BIO = {
|
||
ELEMENTS, el,
|
||
bF, bT, bO,
|
||
counts, hillFormula, molarMass, parseFormula, dbe,
|
||
partialCharges, dipole, polarity, massFractions, functionalGroups, analyze,
|
||
balance, parseSmiles, toJSON, download,
|
||
render2D, vsepr, render3D, chargeColor,
|
||
safe, RING_TEMPLATES,
|
||
_hexRgb, _lighten, _darken,
|
||
};
|
||
})(window);
|