feat(biochem): Фаза 5.3 — 3D-build challenge с проверкой структуры

biochemController.js: structuralMatch/canonicalHash (Morgan-подобный канонический
хеш графа) — для build-задания с data.requireStructure проверяется связность
против эталонной молекулы (molecule_id), а не только формула. Отличает изомеры:
этанол != диметиловый эфир при одной формуле C2H6O.

seed_biochem_challenges.js: +4 structure-build задания (CO2, этилен, этанол,
уксусная кислота). biochem.html: сообщение об ошибке wrong_structure.

Проверено на реальном коде против БД: этанол==этанол true, ==диметиловый эфир false.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>
This commit is contained in:
Maxim Dolgolyov
2026-05-30 15:35:52 +03:00
parent d3c336566a
commit 84feca94d7
3 changed files with 73 additions and 0 deletions
@@ -26,6 +26,44 @@ function valencyIssues(atoms, bonds) {
.map(a => ({ id: a.id, symbol: a.s, used: sums[a.id] || 0, max: MAX_V[a.s] ?? 4 }));
}
/* ── Structural (connectivity) match: Morgan-style canonical hash ──────────
* Сравнивает связность двух молекул независимо от id/координат/нумерации.
* Инвариант атома итеративно уточняется по соседям и порядкам связей;
* каноническая подпись = отсортированные инварианты атомов + рёбер.
*/
function _bf(b) { return b.from != null ? b.from : b.f; }
function _bt(b) { return b.to != null ? b.to : b.t; }
function _bo(b) { return (b.order != null ? b.order : b.o) || 1; }
function _hashStr(s) { let h = 5381; for (let i = 0; i < s.length; i++) h = ((h << 5) + h + s.charCodeAt(i)) | 0; return (h >>> 0).toString(36); }
function canonicalHash(atoms, bonds) {
const adj = {};
atoms.forEach(a => adj[a.id] = []);
for (const b of bonds) {
const f = _bf(b), t = _bt(b), o = _bo(b);
if (adj[f] && adj[t]) { adj[f].push({ id: t, o }); adj[t].push({ id: f, o }); }
}
let inv = {};
atoms.forEach(a => inv[a.id] = a.s);
for (let iter = 0; iter < atoms.length; iter++) {
const next = {};
for (const a of atoms) {
const neigh = adj[a.id].map(n => inv[n.id] + ':' + n.o).sort().join(',');
next[a.id] = _hashStr(inv[a.id] + '|' + neigh);
}
inv = next;
}
const atomSig = atoms.map(a => inv[a.id]).sort().join(';');
const edgeSig = bonds.map(b => [inv[_bf(b)], inv[_bt(b)]].sort().join('-') + '#' + _bo(b)).sort().join(',');
return atomSig + '||' + edgeSig;
}
function structuralMatch(a1, b1, a2, b2) {
if (!Array.isArray(a1) || !Array.isArray(a2)) return false;
if (a1.length !== a2.length || (b1 || []).length !== (b2 || []).length) return false;
return canonicalHash(a1, b1 || []) === canonicalHash(a2, b2 || []);
}
/* ── Prepared statements ─────────────────────────────────────────────── */
const stmts = {
getElements: db.prepare('SELECT * FROM bio_elements ORDER BY radius ASC'),
@@ -222,6 +260,18 @@ function solveChallenge(req, res) {
if (issues.length > 0)
return res.status(400).json({ error: 'valency_error', issues });
// 3D-build: помимо формулы проверяем СТРУКТУРУ (связность) против эталона
const bdata = tryParse(challenge.data_json, {});
if (bdata && bdata.requireStructure && bdata.molecule_id) {
const ref = stmts.getMolById.get(bdata.molecule_id);
if (ref) {
const refAtoms = tryParse(ref.atoms_json, []);
const refBonds = tryParse(ref.bonds_json, []);
if (!structuralMatch(atoms, bonds, refAtoms, refBonds))
return res.status(400).json({ error: 'wrong_structure' });
}
}
stmts.markDone.run(req.user.id, challenge.id);
awardXP(req.user.id, challenge.xp_reward, `biochem_challenge:${challenge.id}`);
res.json({ ok: true, xp: challenge.xp_reward });
@@ -273,4 +323,6 @@ module.exports = {
getElements, getMolecules, getMolecule, validate,
getReactions, getChallenges, solveChallenge,
getSaved, saveMolecule, deleteSaved,
// экспортируется для тестов структурной проверки
structuralMatch, canonicalHash,
};